معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Report the number of particles in each class from RELION

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	countparticles-1.3
نام	countparticles
نسخه کتابخانه	1.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guillaume Gaullier
ایمیل نویسنده	contact@gaullier.org
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Guillawme/countparticles
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/countparticles/
مجوز	-

# countparticles [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.4139778.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.4139778) Report the number of particles in each class from a `run_data.star` file produced by RELION. A single-particle cryo-EM reconstruction comes from a set of particle images corresponding to projections of identical particles in different orientations. All datasets are heterogeneous, to various degrees, and data analysis involves classification of particle images. Knowing how many particles contributed to any given class is important to decide how to follow up after a classification job. This command-line tool reports a count of particles in each class in a `run_it???_data.star` file from a RELION Class2D or Class3D job. It can also optionally produce a bar plot of these particle counts. This tool was tested with star files produced by RELION-3.1.0. Earlier versions of RELION are not supported. ## Acknowledgments I would not have been able to put this tool together without the [`starfile`](https://github.com/alisterburt/starfile) library. ## Installation I recommend to install this tool in a dedicated conda environment. You can create one like so (replace `ENV_NAME` with the name you want to give to this environment): ``` $ conda deactivate $ conda create --name ENV_NAME python=3.9 $ conda activate ENV_NAME ``` Once the conda environment is active, you can install the tool with the following command: ``` $ pip install countparticles ``` ## Usage ``` $ countparticles --help Usage: countparticles [OPTIONS] <run_data.star> Report the number of particles in each class from a run_data.star file produced by RELION. Options: -p, --plot Optional. Display a bar plot of the particle counts. This is most helpful with only a few classes, e.g. for typical Class3D results (but not for typical Class2D results with many classes). -o, --output TEXT Optional. File name to save the barplot (recommended file formats: .png, .pdf, .svg or any format supported by matplotlib). This option has no effect without the -p/--plot option. -h, --help Show this message and exit. ```

نیازمندی

مقدار	نام
>=8.0.3	click
>=3.4.3	matplotlib
>=0.4.9	starfile

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.9.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl countparticles-1.3:

pip install countparticles-1.3.whl

نصب پکیج tar.gz countparticles-1.3:

pip install countparticles-1.3.tar.gz