معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

corebmtk

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	corebmtk-0.1.0
نام	corebmtk
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Tyler Banks
ایمیل نویسنده	tbanks@mail.missouri.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/tjbanks/corebmtk
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/corebmtk/
مجوز	MIT

# corebmtk A module to allow [BMTK](https://github.com/AllenInstitute/bmtk/) to function with [Core Neuron](https://github.com/BlueBrain/CoreNeuron/) before official support. Currently, BMTK uses `h.run` and `extracellular` NEURON mechanisms, which are both incompatible with CoreNeuron. `corebmtk` uses `pc.psolve` and takes an alternate approach to recording and storing output. The goal of this project was to maintain all of BMTK's functionality while allowing for the use of CoreNeuron. Recording modules remove the `step` phase and integrate into `initialize` and `finalize` to be compatilbe with `pc.psolve`. ### Installation ``` pip install --upgrade corebmtk ``` ### Usage In your `run_network.py` `BMTK` script replace your BioSimulator with a CoreBioSimulator. ``` import corebmtk # sim = bionet.BioSimulator.from_config(conf, network=graph) sim = corebmtk.CoreBioSimulator.from_config(conf, network=graph) ``` When using MPI you'll have to replace your config as well. This wrapper prevents loading of mechanisms prior to running with `x86_64/special`. ``` # conf = bionet.Config.from_json(config_file, validate=True) conf = corebmtk.Config.from_json(config_file, validate=True) ``` ### Limitations Some recoring mechanisms are not yet implemented. See run output for more info. Implemented recording modules: 1. `reports.SpikesReport` 1. `netcon_report` 1. `reports.MembraneReport (report.params['sections'] == 'soma')` 1. `reports.ECPReport` Modules NOT implemented 1. `mods.MembraneReport` (general) 1. `reports.ClampReport` 1. `save_synapses` ### Troubleshooting When using ECP recording: ```CoreNEURON cannot simulate a model that contains the extracellular mechanism``` Change your `ecp report` to use `"module": "ecp"` instead of `"module": "extracellular"` ``` "ecp": { "cells": "all", "variable_name": "v", "module": "ecp", "electrode_positions": "./components/recXelectrodes/linear_electrode.csv", "file_name": "ecp.h5", "electrode_channels": "all" } ``` ### Acknowledgments Thanks [@gregglickert](https://github.com/gregglickert) for kicking this project off. [BMTK](https://github.com/AllenInstitute/bmtk/)

نیازمندی

مقدار	نام
-	bmtk
-	h5py
-	numpy

نحوه نصب

نصب پکیج whl corebmtk-0.1.0:

pip install corebmtk-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz corebmtk-0.1.0:

pip install corebmtk-0.1.0.tar.gz