معرفی شرکت ها

coppafish-0.1.6

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1.0
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1.0

توضیحات

coppaFISH software for Python
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل coppafish-0.1.6
نام coppafish
نسخه کتابخانه 0.1.6
نگهدارنده ['Reilly Tilbury']
ایمیل نگهدارنده ['reillytilbury@gmail.com']
نویسنده Josh Duffield
ایمیل نویسنده jduffield65@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://jduffield65.github.io/coppafish/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/coppafish/
مجوز MIT
# coppafish ![](https://github.com/jduffield65/coppafish/blob/main/docs/images/readme_viewer.png?raw=true) *coppafish* is a data analysis pipeline for decoding *coppaFISH* (combinatorial padlock-probe-amplified fluorescence in situ hybridization) datasets. [*coppaFISH*](https://www.nature.com/articles/s41586-022-04915-7) is a method for in situ transcriptomics which produces a series of images arranged in terms of tiles, rounds and channels. *coppafish* then determines the distribution of genes via [image processing](https://jduffield65.github.io/coppafish/pipeline/extract/), [spot detection](https://jduffield65.github.io/coppafish/pipeline/find_spots/), [registration](https://jduffield65.github.io/coppafish/pipeline/register/) and [gene calling](https://jduffield65.github.io/coppafish/pipeline/call_reference_spots/). ## Prerequisites Python >= 3.8 ## Documentation For more information on installation and usage, please see the [documentation](https://jduffield65.github.io/coppafish/).


نیازمندی

مقدار نام
- numpy
- numpy-indexed
- tqdm
- scipy
- sklearn
- opencv-python-headless
- scikit-image
- nd2
- h5py
- pandas
- cloudpickle
- dask
- joblib
- threadpoolctl
- cachey
- sphinx
- jax
- jaxlib
- matplotlib
- distinctipy
- PyQt5
- magicgui
- ipympl
- napari
- npe2
- hsluv
- freetype-py


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl coppafish-0.1.6:

    pip install coppafish-0.1.6.whl


نصب پکیج tar.gz coppafish-0.1.6:

    pip install coppafish-0.1.6.tar.gz