معرفی شرکت ها
cooler-0.8.9
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Sparse binary format for genomic interaction matrices
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | cooler-0.8.9 |
| نام | cooler |
| نسخه کتابخانه | 0.8.9 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Nezar Abdennur |
| ایمیل نویسنده | nezar@mit.edu |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/open2c/cooler |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/cooler/ |
| مجوز | BSD |
# Cooler
<a href="https://open2c.github.io/cooler"><img width="25%" src="https://github.com/open2c/cooler/raw/master/docs/cooler_logo.png" alt="Cooler"></a>
[](https://travis-ci.org/open2c/cooler)
[](https://codecov.io/gh/open2c/cooler)
[](http://cooler.readthedocs.org/en/latest/)
[](http://bioconda.github.io/recipes/cooler/README.html)
[](https://mybinder.org/v2/gh/open2c/cooler-binder/master)
[](https://bit.ly/2UaOpAe)
[](https://zenodo.org/badge/latestdoi/49553222)
## A cool place to store your Hi-C
Cooler is a support library for a **sparse, compressed, binary** persistent storage [format](http://cooler.readthedocs.io/en/latest/schema.html), also called cooler, used to store genomic interaction data, such as Hi-C contact matrices.
The cooler file format is an implementation of a genomic matrix data model using [HDF5](https://en.wikipedia.org/wiki/Hierarchical_Data_Format) as the container format. The `cooler` package includes a suite of [command line tools](http://cooler.readthedocs.io/en/latest/cli.html) and a [Python API](http://cooler.readthedocs.io/en/latest/api.html) to facilitate creating, querying and manipulating cooler files.
To get started:
- [Install](#Installation) cooler
- Read the [documentation](http://cooler.readthedocs.org/en/latest/) and see the Jupyter Notebook [walkthrough](https://github.com/open2c/cooler-binder).
- _cool_ files from published Hi-C data sets are available at `ftp://cooler.csail.mit.edu/coolers`.
- Many more multires (_mcool_) files are available on the [4DN data portal](https://data.4dnucleome.org/visualization/index).
### Installation
Install from PyPI using pip.
```sh
$ pip install cooler
```
If you are using `conda`, you can alternatively install `cooler` from the [bioconda](https://bioconda.github.io/index.html) channel.
```sh
$ conda install -c conda-forge -c bioconda cooler
```
Requirements:
- Python 2.7/3.4+
- libhdf5 and Python packages `numpy`, `scipy`, `pandas`, `h5py`. We highly recommend using the `conda` package manager to install scientific packages like these. To get it, you can either install the full [Anaconda](https://www.continuum.io/downloads) Python distribution or just the standalone [conda](http://conda.pydata.org/miniconda.html) package manager.
See the [docs](http://cooler.readthedocs.org/en/latest/) for more information.
**NOTE: Python 2.7 support will sunset with cooler 0.8.**
### Contributing
Interested in contributing to cooler? That's great! To get started, check out the [contributing guide](https://github.com/open2c/cooler/blob/master/CONTRIBUTING.md).
### Citing
Abdennur, N., and Mirny, L. (2019). Cooler: scalable storage for Hi-C data and other genomically labeled arrays. _Bioinformatics_. doi: [10.1093/bioinformatics/btz540](https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz540).
```bibtex
@article{Cooler2019,
author = {Abdennur, Nezar and Mirny, Leonid A},
title = "{Cooler: scalable storage for Hi-C data and other genomically labeled arrays}",
journal = {Bioinformatics},
year = {2019},
month = {07},
doi = {10.1093/bioinformatics/btz540},
url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz540},
}
```
### License
BSD (3 Clause)
### Related projects
- Process Hi-C data with [distiller](https://github.com/open2c/distiller)!
- Downstream analysis with [cooltools](https://github.com/open2c/cooltools)!
- Visualize your cooler data with [HiGlass](http://higlass.io)!
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | six |
| >=1.9 | numpy |
| >=0.16 | scipy |
| - | pandas |
| >=2.5 | h5py |
| >=7 | click |
| <0.11 | cytoolz |
| - | multiprocess |
| - | pyfaidx |
| - | pypairix |
| - | asciitree |
| - | pyyaml |
| - | simplejson |
| <1.77 | biopython |
| - | dask[array,dataframe] |
| - | ipytree |
| - | psutil |
| - | pysam |
| >=1.6 | Sphinx |
| - | sphinx-rtd-theme |
| - | numpydoc |
| - | recommonmark |
| - | m2r |
| - | mock |
| - | six |
| - | multiprocess |
| - | click |
| - | asciitree |
| - | pyyaml |
| - | pytest |
| - | mock |
| - | pytest-flake8 |
| - | pytest-cov |
| - | codecov |
نحوه نصب
نصب پکیج whl cooler-0.8.9:
pip install cooler-0.8.9.whl
نصب پکیج tar.gz cooler-0.8.9:
pip install cooler-0.8.9.tar.gz