معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Utility package to parse multi fasta files resulting from de novo assembly

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	contig-tools-0.3.9
نام	contig-tools
نسخه کتابخانه	0.3.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Anthony Underwood
ایمیل نویسنده	au3@sanger.ac.uk
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/contig-tools/
مجوز	MIT

# Contig Tools ## Installation ``` pip3 install contig-tools ``` source code: https://gitlab.com/antunderwood/contig_tools ## Usage ``` usage: contig-tools [-h] [-v] {filter,metrics,check_metrics,co_located} ... A package to maniuplate and assess contigs arising from de novo assemblies positional arguments: {filter,metrics,check_metrics,co_located} The following commands are available. Type contig_tools <COMMAND> -h for more help on a specific commands filter Filter contigs based on either length and/or coverage metrics Print contig metrics check_metrics check contig metrics co_located check to see if two or more loci are found on the same contig. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -v, --version display the version number ``` ## Examples ### filter contigs ``` contig-tools filter -l 500 -c 3 -f contigs.fasta ``` ### print contig metrics ``` contig-tools metrics -f contig_tools/tests/test_data/contigs_for_checks.fas contig-tools metrics -f contig_tools/tests/test_data/contigs_for_checks.fas -o json ``` ### check if contigs meet conditions based on conditions enoded in a yaml file example yaml file ``` N50 score: condition_type: gt condition_value: 10 Largest contig: condition_type: gt condition_value: 15 Total length: condition_type: lt_gt condition_value: - 100 - 50 ``` example command ``` contig-tools check_metrics -f contigs.fasta -y conditions.yml ``` metrics that can be checked are - Number of contigs - Number of contigs > 500bp - Total length - %GC - Largest contig - N50 score conditions that can be used are - gt => greater than - lt => less than - lt_gt => less than and greater than ### check if a two or more loci are co-located Make a fasta query file with the 2 or more loci you want to see if they are co-located e.g ``` >gene1 GCAGCTAGCGACTGCGAC..... >gene2 CTACGTAGGACACGACTA.... ``` There are two options 1. Search a single genome file for the co-location of loci ``` contig-tools co_located -q queries.fas -f /path/to/single/genome/contigs.fas ``` or 2. Search a list of genomes for the co-location of loci Make a text file with paths to genomes e.g ``` /path/to/single/genome1.fas /path/to/single/genome1.fas .... ``` and then run the command ``` contig-tools co_located -q queries.fas -l /path/to/single/genome_list_file.txt ``` If you have muliple cores on the computer you are running this on you can process the search in parallel using the `-n <NUMBER PARALLEL PROCESSES>`. If you only want to write out genomes where the queries are co-located use the `-y` options ## code Code can be found [here](https://gitlab.com/antunderwood/contig_tools)

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl contig-tools-0.3.9:

pip install contig-tools-0.3.9.whl

نصب پکیج tar.gz contig-tools-0.3.9:

pip install contig-tools-0.3.9.tar.gz