معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python package implementing/wrapping connectivity based rTMS targeting methods.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	contarg-0.0.4
نام	contarg
نسخه کتابخانه	0.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Dylan Nielson <adenosine@gmail.com>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/contarg/
مجوز	CC)

# ConTarg A python package implementing/wrapping methods for functional connectivity personalized targeting of rTMS therapy. ## Getting test data ```commandline datalad clone ///openneuro/ds002330 cd ds002330/sub-02 datalad get -r . ``` ## Example run ```commandline contarg hierarchical run \ --bids-dir=data/ds002330 \ --derivatives-dir=data/derivatives/ \ --database-file=data/pybids_0.15.2_db \ --run-name=firsttest \ --space=T1w \ --smoothing-fwhm=3 \ --ndummy=5 \ --tr=1.9 \ --subject=02 \ --run=1 \ --njobs=2 ``` ## ROIs Currently we just have spherical ROIs based on Cash et al., 2022 for defining SGC and DLPFC. They were created as follows. ```commandline # make SGC mask 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(100-(x+6)*(x+6)-(y+16)*(y+16)-(z+10)*(z+10))' \ -prefix SGCsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # make blSGC mask 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(100-(x-6)*(x-6)-(y+16)*(y+16)-(z+10)*(z+10))' \ -prefix leftSGCsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz 3dcalc -a SGCsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -b leftSGCsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -expr 'step(a+b)' \ -prefix bilateralSGCspheres_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # BA9 20mm -36, 39, 43 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(400-(x-36)*(x-36)-(y+39)*(y+39)-(z-43)*(z-43))' \ -prefix BA9sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # BA46 20mm -44, 40, 29 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(400-(x-44)*(x-44)-(y+40)*(y+40)-(z-29)*(z-29))' \ -prefix BA46sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # 5cm 20mm -41, 16, 54 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(400-(x-41)*(x-41)-(y+16)*(y+16)-(z-54)*(z-54))' \ -prefix 5cmsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # F3 20mm -37, 26, 49 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -expr 'step(400-(x-37)*(x-37)-(y+26)*(y+26)-(z-49)*(z-49))' \ -prefix F3sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # DLPFC 3dcalc -a BA9sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz -b BA46sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -c 5cmsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz -d F3sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -expr 'step(a + b + c + d)' \ -prefix DLPFCspheres_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # DLPFC + brainmask 3dcalc -a BA9sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz -b BA46sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -c 5cmsphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz -d F3sphere_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz \ -e /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii.gz \ -expr 'and(step(a + b + c + d),e)' \ -prefix DLPFCspheresmasked_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz # BA46 + brainmask 3dcalc -a /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm.nii.gz \ -b /usr/local/apps/fsl/6.0.4/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain_mask.nii.gz \ -expr 'and(a,b)' \ -prefix BA46spheremasked_space-MNI152NLin6Asym_res-02.nii.gz ``` This is a Python project packaged according to [Contemporary Python Packaging - 2023][]. [Contemporary Python Packaging - 2023]: https://effigies.gitlab.io/posts/python-packaging-2023/

نیازمندی

مقدار	نام
-	click>=8.1.3
-	joblib>=1.2.0
-	nilearn>=0.10.0
-	niworkflows>=1.7.1
-	numpy>=1.24.1
-	pandas>=1.5.3
-	pybids==0.15.2
-	scikit-learn>=1.2.1
-	scipy>=1.10.0
xtr	black~=23.1.0;
xtr	datalad;
xtr	pytest;

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl contarg-0.0.4:

pip install contarg-0.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz contarg-0.0.4:

pip install contarg-0.0.4.tar.gz