معرفی شرکت ها
conifer-analysis-0.1.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Post-process conifer output for downstream statistical analysis.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | conifer-analysis-0.1.0 |
| نام | conifer-analysis |
| نسخه کتابخانه | 0.1.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Moritz E. Beber |
| ایمیل نویسنده | midnighter@posteo.net |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/Midnighter/conifer-analysis |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/conifer-analysis/ |
| مجوز | Apache-2.0 |
=============================
Conifer Analysis
=============================
.. image:: https://img.shields.io/pypi/v/conifer-analysis.svg
:target: https://pypi.org/project/conifer-analysis/
:alt: Current PyPI Version
.. image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/conifer-analysis.svg
:target: https://pypi.org/project/conifer-analysis/
:alt: Supported Python Versions
.. image:: https://img.shields.io/pypi/l/conifer-analysis.svg
:target: https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
:alt: Apache Software License Version 2.0
.. image:: https://img.shields.io/badge/Contributor%20Covenant-v2.0%20adopted-ff69b4.svg
:target: .github/CODE_OF_CONDUCT.md
:alt: Code of Conduct
.. image:: https://github.com/Midnighter/conifer-analysis/workflows/CI-CD/badge.svg
:target: https://github.com/Midnighter/conifer-analysis/workflows/CI-CD
:alt: GitHub Actions
.. image:: https://codecov.io/gh/Midnighter/conifer-analysis/branch/master/graph/badge.svg
:target: https://codecov.io/gh/Midnighter/conifer-analysis
:alt: Codecov
.. image:: https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg
:target: https://github.com/ambv/black
:alt: Code Style Black
.. image:: https://readthedocs.org/projects/conifer-analysis/badge/?version=latest
:target: https://conifer-analysis.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest
:alt: Documentation Status
.. summary-start
Post-process conifer output for downstream statistical analysis.
``conifer-analysis`` uses `dask <https://dask.org/>`_ in order to analyze
`conifer <https://github.com/Ivarz/Conifer>`_ results in a distributed and
out-of-memory fashion. This can be helpful when processing many such results.
Example
=======
Say that you have a bunch of ``conifer`` results in a directory. You can
generate a histogram of the confidence values per file (sample) and per taxa
using the provided pipeline ``confidence_hist``. Even when you work locally, it
can be helpful to explicitly create a distributed client controlling the number
of workers.
.. code-block:: python
from dask.distributed import Client
from conifer_analysis import confidence_hist
client = Client(n_workers=8)
You can then visit the `default dashboard <http://127.0.0.1:8787/status>`_ in
your browser to observe tasks live. Next, we run the pipeline which returns a
``pandas.DataFrame``.
.. code-block:: python
hist = confidence_hist("data/*.tsv")
hist.info()
As an example of the returned shape:
.. code-block:: console
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
RangeIndex: 7700 entries, 0 to 7699
Data columns (total 8 columns):
# Column Non-Null Count Dtype
--- ------ -------------- -----
0 path 7700 non-null category
1 name 7700 non-null category
2 taxonomy_id 7700 non-null category
3 bin 7700 non-null interval[float64, right]
4 midpoints 7700 non-null float64
5 read1_hist 7700 non-null int64
6 read2_hist 7700 non-null int64
7 avg_hist 7700 non-null int64
dtypes: category(3), float64(1), int64(3), interval(1)
memory usage: 385.3 KB
Install
=======
It's as simple as:
.. code-block:: console
pip install conifer-analysis
If you want to observe tasks in the dask dashboard, you will need additional
dependencies.
.. code-block:: console
pip install conifer-analysis[dashboard]
Copyright
=========
* Copyright © 2022, Moritz E. Beber.
* Free software distributed under the `Apache Software License 2.0
<https://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0>`_.
.. summary-end
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | dask |
| - | depinfo |
| - | numpy |
| - | pandas |
| - | distributed |
| - | bokeh |
| - | black |
| - | isort |
| - | tox |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl conifer-analysis-0.1.0:
pip install conifer-analysis-0.1.0.whl
نصب پکیج tar.gz conifer-analysis-0.1.0:
pip install conifer-analysis-0.1.0.tar.gz