معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Copy Number genotyping from single cell RNA sequencing

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	congas-0.0.9
نام	congas
نسخه کتابخانه	0.0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Salvatore Milite
ایمیل نویسنده	militesalvatore@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Militeee/congas
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/congas/
مجوز	GPL-3.0

# Copy number genotyping from scRNA sequencing [![Build Status](https://travis-ci.org/Militeee/anneal.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/Militeee/congas) [![codecov](https://codecov.io/gh/Militeee/anneal/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/Militeee/congas) A set of Pyro models and functions to infer CNA from scRNA-seq data. It comes with a companion R package (hlink) that works as an interface and provides preprocessing, simulation and visualization routines. Currently providing: - A mixture model on segments where CNV are modelled as LogNormal random variable (MixtureGaussian) - Same as above but the number of cluster is learned (MixtureGaussianDMP) - A model where CNVs are modelled as outcome from Categorical distributions, clusters share the same parameters (MixtureDirichlet) - A simple Hmm where CNVs are again categorical, but there is no clustering (SimpleHmm) - The version of MixtureDirichlet but with temporal dependency (HmmMixtureRNA) Coming soon: - A linear model in the emission that can account for known covariates - The equivalent of MixtureGaussian but with CNVs as Categorical random variable - A model on genes (all the other models assume a division in segments) To install: `$ pip install congas` To run a simple analysis on the example data ```python import congas as cn from congas.models import MixtureGaussian data_dict = cn.simulation_data params, loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian, steps=200, lr=0.05) ``` [Full Documentation](https://annealpyro.readthedocs.io/en/latest/)

نیازمندی

مقدار	نام
>=3.1	matplotlib
>=1.0	pandas
>=1.5	pyro-ppl
>=1.18	numpy
-	scikit-learn

نحوه نصب

نصب پکیج whl congas-0.0.9:

pip install congas-0.0.9.whl

نصب پکیج tar.gz congas-0.0.9:

pip install congas-0.0.9.tar.gz