معرفی شرکت ها
combine-notebooks-0.1.4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
combine_notebooks - COMBINE jupyter notebooks in python.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | combine-notebooks-0.1.4 |
| نام | combine-notebooks |
| نسخه کتابخانه | 0.1.4 |
| نگهدارنده | ['Matthias Koenig'] |
| ایمیل نگهدارنده | ['konigmatt@googlemail.com'] |
| نویسنده | Matthias Koenig & Aditya Singhal |
| ایمیل نویسنده | konigmatt@googlemail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/combine-org/combine-notebooks |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/combine-notebooks/ |
| مجوز | LGPL-3.0 |
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/combine-org/combine-notebooks/main/docs/images/combine.png
:align: left
:alt: COMBINE logo
combine-notebooks - COMBINE jupyter notebooks in python
=======================================================
.. image:: https://github.com/combine-org/combine-notebooks/workflows/CI-CD/badge.svg
:target: https://github.com/combine-org/combine-notebooks/workflows/CI-CD
:alt: GitHub Actions CI/CD Status
.. image:: https://img.shields.io/pypi/v/combine-notebooks.svg
:target: https://pypi.org/project/combine-notebooks/
:alt: Current PyPI Version
.. image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/combine-notebooks.svg
:target: https://pypi.org/project/combine-notebooks/
:alt: Supported Python Versions
.. image:: https://img.shields.io/pypi/l/combine-notebooks.svg
:target: http://opensource.org/licenses/LGPL-3.0
:alt: GNU Lesser General Public License 3
.. image:: https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg
:target: https://github.com/ambv/black
:alt: Black
.. image:: http://www.mypy-lang.org/static/mypy_badge.svg
:target: http://mypy-lang.org/
:alt: mypy
Project Overview
----------------
This repository contains Jupyter notebooks that showcase
`COMBINE <http://co.mbine.org/standards>`__ standards and their libraries around one common theme; the repressilator model.
.. image:: https://img.shields.io/badge/Blogger-FF5722?style=for-the-badge&logo=blogger&logoColor=white
:target: https://combine-notebooks-gsoc-2022.blogspot.com/
:alt: Blogger
The following standards are demonstrated
- Systems Biology Graphical Notation (`SBGN <https://sbgn.github.io/>`__): Used to describe visually biological knowledge.
- Systems Biology Markup Language (`SBML <https://sbgn.github.io/>`__): Used for representing models of biological processes.
- Simulation Experiment Description Markup Language (`SED-ML <https://sed-ml.org/>`__): Used for encoding experiments. SED-ML allows defining the models to use, the experimental tasks to run, and which results to produce. It is a computer-readable format for representing the models of biological processes.
- `CellML <https://www.cellml.org/>`__: Used to store and exchange computer-based mathematical models.
- Synthetic Biology Open Language (`SBOL <https://sbolstandard.org/>`__): Used for description and the exchange of synthetic biological parts, devices, and systems.
- `NeuroML <https://neuroml.org/>`__: Used for XML based description language that provides a common data format for defining and exchanging descriptions of neuronal cell and network models.
Setup/Installation
------------------
To work with the notebooks create a virtual environment and install the dependencies::
mkvirtualenv combine_notebooks --python=python3.10
(combine_notebooks) pip install -e .[development] --upgrade
After changes ensure code formatting via::
./fcode.sh
Tests can be run via pytest and tox. To run all tests use::
tox -p
To run individual tests use the following targets `flake8`, `mypy`, `py38`, `py39`, `py310`::
tox -e flake8
Notebooks
---------
To run the notebooks install a notebook environment::
pip install jupyterlab
Register the created virtual environment `combine_notebooks` as jupyter kernel::
ipython kernel install --user --name=combine_notebooks
Or alternatively install the package in an existing virtual environment to get all the dependencies. I.e.::
pip install combine-notebooks
Start the notebooks::
cd ./notebooks
jupyter lab
© 2022 Matthias König & Aditya Singhal
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2.0.0 | depinfo |
| >=5.19.5 | python-libsbml |
| >=2.0.32 | python-libsedml |
| >=0.7.6 | sbmlutils |
| >=2.13.1 | antimony |
| >=0.7.1 | pyneuroml |
| >=0.3.104 | libcellml |
| >=0.2.2 | libsbgnpy |
| >=0.1.2 | pybiopax |
| >=8.4.0 | ipython |
| >=5.4.0 | nbformat |
| >6.5.1 | pip-tools |
| >=22.1.0 | black |
| >=1.0.1 | bump2version |
| >=5.10.1 | isort |
| >=3.24.3 | tox |
| >=4.0.1 | flake8 |
| >=17.8.0 | flake8-mypy |
| >=0.931 | mypy |
| >=7.0.1 | pytest |
| >=3.0.0 | pytest-cov |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl combine-notebooks-0.1.4:
pip install combine-notebooks-0.1.4.whl
نصب پکیج tar.gz combine-notebooks-0.1.4:
pip install combine-notebooks-0.1.4.tar.gz