معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Amino acid reverse translation and DNA optimization tool based on species-specific codon-use distributions.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	codon-harmony-1.0.0
نام	codon-harmony
نسخه کتابخانه	1.0.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Brian D. Weitzner
ایمیل نویسنده	bweitzner@lyellbio.com
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/codon-harmony/
مجوز	MIT license

============= Codon Harmony ============= .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/codon_harmony.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/codon_harmony .. image:: https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg :target: https://opensource.org/licenses/MIT :alt: MIT License .. image:: https://img.shields.io/travis/weitzner/codon_harmony.svg :target: https://travis-ci.org/weitzner/codon_harmony .. image:: https://readthedocs.org/projects/codon-harmony/badge/?version=latest :target: https://codon-harmony.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation status .. image:: https://codecov.io/gh/weitzner/codon_harmony/branch/master/graph/badge.svg :target: https://codecov.io/gh/weitzner/codon_harmony :alt: Coverage report .. image:: https://pyup.io/repos/github/weitzner/codon_harmony/shield.svg :target: https://pyup.io/repos/github/weitzner/codon_harmony/ :alt: Updates .. image:: https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg :target: https://github.com/ambv/black :alt: Code style: black Amino acid reverse translation and DNA optimization tool based on species-specific codon-use distributions. Species-specifc data can be found on the `Codon Usage Database`_ using the `NCBI Taxonomy database`_ id (e.g. 413997) or the organism's Latin name (e.g. *Escherichia coli* B). Mapping species names to Taxonomy IDs can be done here_. .. _`Codon Usage Database`: http://www.kazusa.or.jp/codon .. _`NCBI Taxonomy database`: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy .. _here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/TaxIdentifier/tax_identifier.cgi * Documentation: https://codon-harmony.readthedocs.io Features -------- 1. Reverse translates input amino acid sequence to DNA. 2. Calculates the host's per-AA codon usage profile – codons used less than a specified threshold (defaults to 10%) are dropped. 3. Compares the reverse-translated DNA sequence to the host profile, determines which codons are overused/underused. 4. Stochastically mutates codons according to host profile. 5. Ranks sequences by codon adaptation index relative to host 6. Processes DNA to remove unwanted features: * high GC content within a sliding window and across the entire sequence * unwanted restriction sites * alternate start positions (GA-rich regions 18 bp upstream of ATG/GTG/TTG) * 3-consecutive identical codons and 9-mer repeat chunks * areas with more than 4 (variable) consecutive identical bps ("local homopolymers") * RNA hairpins, detected by looking for 10-mers with reverse complements (including wobble bases) in the sequence * RNA splice sites, detected by similarity to consensus donor and acceptor site sequences The process is repeated from step 3 for a specified number of cycles (defaults to 1000) OR until the per-AA codon profile of current DNA and host profile matches (within tolerance). Future work ----------- - More advanced RNA-structure removal * CONTRAfold_ – overkill for now * nupack_ – overkill for now .. _CONTRAfold: http://contra.stanford.edu/contrafold/ .. _nupack: http://nupack.org ======= History ======= 0.9.2 (2019-02-06) ------------------ * First release on PyPI. 0.9.4 (2019-02-20) ------------------ * Full suite of tests added, bugs uncovered and fixed * Adjustments to the packaging setup -- actaully installable now 0.9.5 (2019-02-25) ------------------ * Adding support for RNA splice site detection and removal 0.9.6 (2019-02-28) ------------------ * Updating the way optimization failures are reported and displayed * Parallelizing via a process pool 1.0.0 (2019-03-06) ------------------ * Added ability to use offline tables in addition to fetching from the internet * Full suite of tests and documentation * Tested on real-world sequences to

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl codon-harmony-1.0.0:

pip install codon-harmony-1.0.0.whl

نصب پکیج tar.gz codon-harmony-1.0.0:

pip install codon-harmony-1.0.0.tar.gz