معرفی شرکت ها
cluspro-api-1.1.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Library for submitting and downloading job data from ClusPro.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | cluspro-api-1.1.0 |
| نام | cluspro-api |
| نسخه کتابخانه | 1.1.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Katie Porter |
| ایمیل نویسنده | kaporter@bu.edu |
| آدرس صفحه اصلی | https://bitbucket.org/bu-structure/cluspro_api |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/cluspro-api/ |
| مجوز | MIT |
cluspro_api
===========
Python library and associated scripts for submiting jobs and
downloading results from ClusPro.
Installation
------------
Ensure you have ``pip``, then run:
.. code-block:: bash
pip install --user cluspro_api
or
.. code-block:: bash
[sudo] pip install cluspro_api
``sudo`` is only needed if you are installing globally. If ``--user`` option is used, binaries
will be in ``$HOME/.local/bin``. We recommend use of Anaconda (https://www.continuum.io).
Usage
-----
Submitting Jobs
~~~~~~~~~~~~~~~
To submit a docking job to ClusPro:
.. code-block:: bash
cluspro_submit --receptor <path to receptor pdb file> --ligand <path to ligand pdb file>
This will prompt you for your username and API secret, which can be found on the API tab
after logging into ClusPro. These will be stored in a ``.clusprorc`` file in your home
directory.
Options:
.. code-block:: bash
$ cluspro_submit --help
Usage: cluspro_submit [OPTIONS]
Jobs are expected to be in one of four "modes": docking with a provided
ligand PDB ID or PDB file, docking in multimer mode (using --multimer), or
peptide docking (using --pepmot and --pepseq). If using multimer mode add
--multimer and specify dimer or trimer (ex. --multimer dimer or --multimer
trimer). If using peptide mode supply both the peptide motif and sequence
(ex. --pepmot KXRRL --pepseq KGRRL). If using dimer classification mode add
--dcmode and provide the chain(s) that define the potential dimer interface
(ex. --rec-chains and --lig-chains). Mixing options from these four modes
is not supported and will result in an error message.
Options:
--username TEXT
--secret TEXT
--coeffs PATH Coefficients file [Advanced]
--rotations PATH Rotations file [Advanced]
-j, --jobname TEXT Will default to job number
-a, --antibodymode Use Antibody mode [Advanced]
-o, --othersmode Use Others mode [Advanced]
--receptor PATH Upload a PDB file
--ligand PATH Upload a PDB file
--recpdb TEXT 4-letter PDB code
--ligpdb TEXT 4-letter PDB code
--pepmot TEXT Peptide motif
--pepseq TEXT Peptide sequence
--pepexclusion TEXT List of PDB ids to exclude from motif
search
--rec-chains TEXT Chains to use, for example "A B" (in double
quotes)
--lig-chains TEXT Chains to use, for example "A B" (in double
quotes)
--rec-mask PATH Receptor mask [Advanced]
--lig-mask PATH Ligand mask [Advanced]
--rec-attraction PATH Receptor attraction [Advanced]
--lig-attraction PATH Ligand attraction [Advanced]
--rec-dssp Remove unstructured terminal residues in
receptor [Advanced]
--lig-dssp Remove unstructured terminal residues in ligand [Advanced]
--restraints PATH Upload restraints file [Advanced]
--saxs-file PATH Upload SAXS profile [Advanced]
--masknoncdr Automatically mask non-CDR region, Antibody mode only [Advanced]
--multimers [dimer|trimer] Multimer mode [Advanced]
--dcmode Use Dimer Classification mode
--help Show this message and exit
If you write a script which submits the jobs in a loop, please submit no more than 50 jobs
per batch (and then wait until these jobs finish before submitting more). Please pause for
5-10 seconds between job submissions within each batch.
Running ``cluspro_submit`` will print out the cluspro job id, which you should record and use
later to download your job results.
Downloading Results
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
To download results from a finished job:
.. code-block:: bash
cluspro_download <jobid>
You can download multiple jobs at once:
.. code-block:: bash
cluspro_download <jobid1> <jobid2> <jobid3> ...
The results will be saved in the directory from which you ran the command.
نحوه نصب
نصب پکیج whl cluspro-api-1.1.0:
pip install cluspro-api-1.1.0.whl
نصب پکیج tar.gz cluspro-api-1.1.0:
pip install cluspro-api-1.1.0.tar.gz