معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Classify C. Liberibacter solanacearum haplotypes

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	clsify-0.1.1
نام	clsify
نسخه کتابخانه	0.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Manuel Holtgrewe
ایمیل نویسنده	manuel.holtgrewe@bihealth.de
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/holtgrewe/clsify
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/clsify/
مجوز	MIT license

====== CLSify ====== Classification of *Candidatus Liberibacter solanacearum* following IPPC (International Plant Protection Convention) standard `DP 21: Candidatus Liberibacter solanacearum <https://www.ippc.int/en/publications/84157>`_. ----------- Quick Facts ----------- - License: MIT - Programming Language Python ------------------------------ Input / Output - What it Does! ------------------------------ This program takes as the input Sanger sequences from the 16S, 16S-23S, and 50S primers from the IPPC standard DP21. It then aligns them to the GenBank reference sequences ``EU812559`` and ``EU834131`` (as specified in DP21). Based on the alignments and the document DP21, sequence identity is computed and haplotyping is performed, yielding: - sequence identity to ``EU822559`` for identifying the species *C. Liberibacter solanacearum*, and - haplotyping of the read based on variation from the reference sequence. Sample names can be inferred from the read names or from a separate mapping TSV file. ----------- Quick Start ----------- This is gonna be really quick! Installation ============ We recommend using `Bioconda <https://bioconda.github.io>`_. First `install Bioconda <https://bioconda.github.io/user/install.html#getting-started>`_. Then: .. code-block:: bash # conda install -y clsify And -- tadaa -- you're ready to go! Running ======= You can have one FASTA (or FASTQ) file with all of your reads or one file for each. If you have a single sequence per FASTA (or FASTQ) file then you can use the file name instead of the sequence name. .. code-block:: bash # clsify -o result.tsv INPUT.fasta ## OR # clsify [--use-file-name] -o result.tsv INPUT1.fasta INPUT2.fasta [...] ## e.g., # clsify [--use-file-name] -o result.tsv INPUT*.fasta ======= History ======= ------ v0.1.1 ------ - Zapping gremlins in haplotype table. - Change formatting of README. ------ v0.1.0 ------ Initial release. - Everything is new!

نحوه نصب

نصب پکیج whl clsify-0.1.1:

pip install clsify-0.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz clsify-0.1.1:

pip install clsify-0.1.1.tar.gz