معرفی شرکت ها
clophfit-0.3.9
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Cli for fitting macromolecule pH titration or binding assays data e.g. fluorescence spectra.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | clophfit-0.3.9 |
| نام | clophfit |
| نسخه کتابخانه | 0.3.9 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | daniele arosio |
| ایمیل نویسنده | daniele.arosio@cnr.it |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/darosio/ClopHfit |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/clophfit/ |
| مجوز | BSD-3-Clause |
[](https://pypi.org/project/ClopHfit/)
[](https://github.com/darosio/ClopHfit/actions/workflows/tests.yml)
[](https://codecov.io/gh/darosio/ClopHfit)
[](https://clophfit.readthedocs.io/)
[](https://doi.org/10.5281/zenodo.6354112)
# ClopHfit
Cli for fitting macromolecule pH titration or binding assay data, e.g.
fluorescence spectra.
- Version: "0.3.9"
## Features
- Plate Reader data Parser.
- Perform non-linear least square fitting.
- Extract and fit pH and chloride titrations of GFP libraries.
- For 2 labelblocks (e.g. 400, 485 nm) fit data separately and
globally.
- Estimate uncertainty using bootstrap.
- Subtract buffer for each titration point.
- Report controls e.g. S202N, E2 and V224Q.
- Correct for dilution of titration additions.
- Plot data when fitting fails and save txt file anyway.
## Usage
- Extract and fit titrations from a list of tecan files collected at
various pH or chloride concentrations:
clop prtecan --help
For example:
clop prtecan list.pH -k ph --scheme ../scheme.txt --dil additions.pH --norm \
--out prova2 --Klim 6.8,8.4 --sel 7.6,20
To reproduce older pr.tecan add [\--no-weight]{.title-ref} option:
clop prtecan list.pH -k ph --scheme ../scheme.txt --no-bg --no-weight \
--out 4old --Klim 6.8,8.4 --sel 7.6,20
- Predict chloride dissociation constant [K_d]{.title-ref} at given
pH:
clop eq1 --help
To use clophfit in a project:
from clophfit import prtecan, binding
## Installation
You can get the library directly from
[](https://pypi.org/project/ClopHfit/):
pip install clophfit
## Development
Prepare a virtual development environment and test first installation:
pyenv install 3.10.2
poetry env use 3.10
poetry install
poetry run pytest -v
Make sure:
pre-commit install
pre-commit install --hook-type commit-msg
For [Jupyter](https://jupyter.org/):
poetry run python -m ipykernel install --user --name="cloph-310"
To generate docs:
poetry run nox -rs docs
When needed (e.g. API updates):
sphinx-apidoc -f -o docs/api/ src/clophfit/
Use commitizen and github-cli to release:
poetry run cz bump --changelog-to-stdout --files-only (--prerelease alpha) --increment MINOR
gh release create (--target devel) v0.3.0a0
Remember!!! Update::
- ClopHfit/docs/requirements.txt
- ClopHfit/.github/workflows/constraints.txt
### Development environment
- Test automation requires nox and nox-poetry.
- Formatting with black\[jupyter\] configured in pyproject.
- Linters are configured in .flake8 .darglint and .isort.cfg and
include:
- flake8-isort
- flake8-bugbear
- flake8-docstrings
- darglint
- flake8-eradicate
- flake8-comprehensions
- flake8-pytest-style
- flake8-annotations (see mypy)
- flake8-rst-docstrings
> - rst-lint
- pre-commit configured in .pre-commit-config.yaml activated with:
- pre-commit install
- commitizen install --hook-type commit-msg
- Tests coverage (pytest-cov) configured in .coveragerc.
- Type annotation configured in mypy.ini.
- [Commitizen](https://commitizen-tools.github.io/commitizen/) also
used to bump version:
cz bump --changelog-to-stdout --files-only --prerelease alpha --increment MINOR
- need one-time initialization:
(cz init)
- xdoctest
- sphinx with pydata-sphinx-theme and sphinx-autodoc-typehints.
(nbsphinx, sphinxcontrib-plantuml):
mkdir docs; cd docs
sphinx-quickstart
Edit conf.py \[\"sphinx.ext.autodoc\"\] and index.rst \[e.g.
api/modules\]:
sphinx-apidoc -f -o docs/api/ src/clophfit/
- CI/CD configured in .github/workflows:
tests.yml
release.yml
Remember to update tools version e.g. nox_poetry==0.9.
### What is missing to [modernize](https://cjolowicz.github.io/posts/hypermodern-python-06-ci-cd/):
- coveralls/Codecov
- release drafter; maybe useful when merging pr into main.
- readthedocs or ghpages?
<https://www.docslikecode.com/articles/github-pages-python-sphinx/>
## Code of Conduct
Everyone interacting in the readme_renderer project\'s codebases, issue
trackers, chat rooms, and mailing lists is expected to follow the [PSF
Code of
Conduct](https://github.com/pypa/.github/blob/main/CODE_OF_CONDUCT.md).
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.4.5 | rpy2 |
| >=0.11.2 | seaborn |
| >=1.0.3 | lmfit |
| >=1.17 | numpy |
| >=1.7.1 | scipy |
| >=1.3.3 | pandas |
| >=3.1.1 | emcee |
| >=2.2.1 | corner |
| >=4.62.3 | tqdm |
| >=1.9 | sympy |
| >=3.0.9 | openpyxl |
| >=8.1.3 | click |
| >=1.4.4.220912 | pandas-stubs |
| >=2.0.1,<3.0.0 | xlrd |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8,<3.11 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl clophfit-0.3.9:
pip install clophfit-0.3.9.whl
نصب پکیج tar.gz clophfit-0.3.9:
pip install clophfit-0.3.9.tar.gz