معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Clonal deconvolution in cancer using longitudinal NGS data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	clonosGP-1.0
نام	clonosGP
نسخه کتابخانه	1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Dimitrios V. Vavoulis
ایمیل نویسنده	dimitris.vavoulis@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	http://github.com/dvav/clonosGP
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/clonosGP/
مجوز	MIT

# Introduction Tumours are mixtures of phylogenetically related cancer cell populations or *clones*, which are subject to a process of Darwinian evolution in response to selective pressures in their local micro-environment. `clonosGP` is a statistical methodology for tracking this latent heterogeneity continuously in time based on longitudinally collected tumour samples. In technical terms, it combines Dirichlet Process Mixture Models with Gaussian Process Priors to identify clusters of mutations and track their cellular prevalence continuously in time. If only cross-sectional data are available, then it performs standard non-parametric clustering of mutations based on their observed frequency, similarly to `PyClone` and other software in the same category. The statistical models underlying `clonosGP` were implemented in the excellent probabilistic programming system `PyMC3` on which we also rely for inference using variational methods. # Installation `clonosGP` requires Python 3.7 or later. It can be easilly installed as follows: 1. Create a virtual environment: `python3 -m venv myenv` 2. Activate the newly created environment: `source myenv/bin/activate` 3. Install `clonosGP` as follows: `pip install -U clonosGP` All necessary dependencies will also be installed. # Usage A guide to start using `clonosGP` quickly is available [here](quickstart.ipynb). A more thorough tutorial can be found [here](tutorial.ipynb). # Citation For citation information check [http://github.com/dvav/clonosGP](http://github.com/dvav/clonosGP)

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl clonosGP-1.0:

pip install clonosGP-1.0.whl

نصب پکیج tar.gz clonosGP-1.0:

pip install clonosGP-1.0.tar.gz