معرفی شرکت ها

clonedetective-0.0.3

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.3
0.0.2
0.0.1
0.0.3
0.0.2
0.0.1

توضیحات

A python package for the scalable analysis of fluorescent imaging data from lineage tracing experiments.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل clonedetective-0.0.3
نام clonedetective
نسخه کتابخانه 0.0.3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Otto Morris
ایمیل نویسنده ottomorris@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/morriso1/clonedetective/tree/master/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/clonedetective/
مجوز Apache Software License 2.0
# clonedetective > A python package for automated cell lineage analysis. <img src="https://raw.githubusercontent.com/morriso1/clonedetective/master/docs/images/clonedetective_scheme.png" width="800" style="max-width: 800px"> ## What does it do? **clonedetective** is a package for analysing fluorescent imaging data from cell lineage experiments (e.g. FLP-out, MARCM or Cre-lox clones). Outputted quantifications include: - counts of each cell type per “clone” - spatial metrics e.g. number of nearest neighbors of each cell per clone - cell and clone properties e.g. area, mean intensity etc. If clones label genetic mutations, these metrics can be useful in addressing biological questions such as: - does my gene of interest regulate clone size (i.e. cell proliferation) or clone composition (i.e. cell differentiation)? - does the local cell neighbourhood (e.g. number and type of neighbours) non-autonomously impact cell proliferation or differentiation? - does my gene of interest regulate the expression of other (immunostained) proteins? ## Under the hood **clonedetective** is constructed using many amazing python libraries, including scikit-image, numpy, Xarray, pandas, numba, Dask, Dask-image and pyclesperanto-prototype. Many functions are lazy-loaded and parallelized using [Dask](https://dask.org/), enabling clonedetective to scale to large multi-dimensional datasets that do not fit in RAM. ## Install It is recommended to install **clonedetective** into a virtual environment e.g. using [conda](https://docs.conda.io/). Once you have anaconda or miniconda installed, you can create a virtual environment using the following command. It is often helpful to install something into an empty environment, in this case we install scipy: `conda create -n myenv scipy` You can then install clonedetective via pip: `pip install clonedetective` ## How to use Please see the tutorials: 1) [Example walkthrough](https://morriso1.github.io/clonedetective/Tutorial_Walkthrough.html) 2) [Downstream Analysis using Python](https://morriso1.github.io/clonedetective/Tutorial_Downstream_Analysis_Python.html) 3) [Downstream Analysis using R](https://morriso1.github.io/clonedetective/Tutorial_Downstream_Analysis_R.html) 4) [Generating nuclei segmentation using StarDist](https://morriso1.github.io/clonedetective/Tutorial_StarDist_Segmentation.html) In progress, more to come!


نیازمندی

مقدار نام
- pip
- packaging
- xarray
- dask[dataframe]
- dask[array]
- dask[distributed]
- netCDF4
- bottleneck
- scipy
- scikit-image
- dask-image
- seaborn
- numba
==2020.3.1 pyopencl
- pyclesperanto-prototype


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl clonedetective-0.0.3:

    pip install clonedetective-0.0.3.whl


نصب پکیج tar.gz clonedetective-0.0.3:

    pip install clonedetective-0.0.3.tar.gz