معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Tile generation for big data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	clodius-0.9.4
نام	clodius
نسخه کتابخانه	0.9.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Peter Kerpedjiev <pkerpedjiev@gmail.com>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/clodius/
مجوز	MIT

# Clodius [![Python](https://img.shields.io/pypi/v/clodius)](https://pypi.org/project/clodius) [![Build Status](https://travis-ci.org/higlass/clodius.svg?branch=develop)](https://travis-ci.org/higlass/clodius) [![Docs](https://img.shields.io/badge/docs-📖-red.svg?colorB=6680ff)](https://docs.higlass.io/data_preparation.html) Displaying large amounts of data often requires first turning it into not-so-large amounts of data. Clodius is a program and library designed to aggregate large datasets to make them easy to display at different resolutions. ## Demo Install the clodius package: ```shell pip install clodius ``` And use it aggregate a bigWig file: ```shell curl https://raw.githubusercontent.com/hms-dbmi/clodius/develop/test/sample_data/geneAnnotationsExonsUnions.short.bed \ > /tmp/sample.short.bed clodius aggregate bedfile /tmp/sample.short.bed ``` The output files can then be displayed using [higlass-manage](https://github.com/higlass/higlass-manage). For more information about viewing these types of files take a look at the [higlass docs](https://docs.higlass.io). [More examples](COMMANDS.md) are available. ## File Types - Non-genomic Rasters - [TSV Files](docs/raster/tsv.rst) - Genomic Data - [Bed Files](docs/genomic/bed.rst) - [BedGraph Files](docs/genomic/bedgraph.rst) - [Bedpe-like Files](docs/genomic/bedpe.rst) - [BigBed Files](docs/genomic/bigbed.rst) - [BigWig Files](docs/genomic/bigwig.rst) - [Chromosome Sizes](docs/genomic/chromosome-sizes.rst) - [Cooler Files](docs/genomic/cooler.rst) - [Gene Annotation](docs/genomic/gene-annotation.rst) - [HiTile Files](docs/genomic/hitile.rst) - [Multivec Files](docs/genomic/multivec.rst) ## Development The recommended way to develop `clodius` is to use a [conda](https://conda.io/docs/intro.html) environment and install `clodius` with develop mode: ```shell pip install -e ".[dev]" ``` ## Testing The unit tests for clodius can be run using [pytest](https://docs.pytest.org/en/latest/): ```shell pytest ``` Individual unit tests can be specified by indicating the file and function they are defined in: ```shell pytest test/cli_test.py:test_clodius_aggregate_bedgraph ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	click>=7
-	cooler<0.9.0,>=0.8.5
-	dask
-	h5py>=3.0.0
-	negspy
-	numpy<=1.23.0
-	pandas>=1.0
-	pybbi>=0.2.0
-	pydantic
-	pyfaidx
-	pysam
-	requests
-	slugid
-	sortedcontainers
-	tqdm
xtr	autopep8;
xtr	bumpversion;
xtr	flake8;
xtr	pytest;
xtr	pytest-cov;

نحوه نصب

نصب پکیج whl clodius-0.9.4:

pip install clodius-0.9.4.whl

نصب پکیج tar.gz clodius-0.9.4:

pip install clodius-0.9.4.tar.gz