معرفی شرکت ها
clipkit-1.4.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Alignment trimming software for phylogenetics.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | clipkit-1.4.1 |
| نام | clipkit |
| نسخه کتابخانه | 1.4.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Jacob L. Steenwyk |
| ایمیل نویسنده | jlsteenwyk@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/jlsteenwyk/clipkit |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/clipkit/ |
| مجوز | - |
<p align="center">
<a href="https://github.com/jlsteenwyk/clipkit">
<img src="https://raw.githubusercontent.com/JLSteenwyk/ClipKIT/master/docs/_static/img/logo.jpg" alt="Logo" width="400">
</a>
<p align="center">
<a href="https://jlsteenwyk.com/ClipKIT/">Docs</a>
·
<a href="https://github.com/jlsteenwyk/clipkit/issues">Report Bug</a>
·
<a href="https://github.com/jlsteenwyk/clipkit/issues">Request Feature</a>
</p>
<p align="center">
<a href="https://github.com/JLSteenwyk/ClipKIT/actions" alt="Build">
<img src="https://img.shields.io/github/actions/workflow/status/JLSteenwyk/ClipKIT/ci.yml?branch=master">
</a>
<a href="https://codecov.io/gh/jlsteenwyk/clipkit" alt="Coverage">
<img src="https://codecov.io/gh/jlsteenwyk/clipkit/branch/master/graph/badge.svg?token=0J49I6441V">
</a>
<a href="https://github.com/jlsteenwyk/clipkit/graphs/contributors" alt="Contributors">
<img src="https://img.shields.io/github/contributors/jlsteenwyk/clipkit">
</a>
<a href="https://twitter.com/intent/follow?screen_name=jlsteenwyk" alt="Author Twitter">
<img src="https://img.shields.io/twitter/follow/jlsteenwyk?style=social&logo=twitter"
alt="follow on Twitter">
</a>
<br />
<a href="https://pepy.tech/badge/clipkit">
<img src="https://static.pepy.tech/personalized-badge/clipkit?period=total&units=international_system&left_color=grey&right_color=blue&left_text=PyPi%20Downloads">
</a>
<a href="https://lbesson.mit-license.org/" alt="License">
<img src="https://img.shields.io/badge/License-MIT-blue.svg">
</a>
<a href="https://pypi.org/project/clipkit/" alt="PyPI - Python Version">
<img src="https://img.shields.io/pypi/pyversions/clipkit">
</a>
<a href="https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001007">
<img src="https://zenodo.org/badge/DOI/10.1371/journal.pbio.3001007.svg">
</p>
</p>
ClipKIT is a fast and flexible alignment trimming tool that keeps phylogenetically informative sites and removes others.<br /><br />
If you found clipkit useful, please cite *ClipKIT: a multiple sequence alignment trimming software for accurate phylogenomic inference*. Steenwyk et al. 2020, PLoS Biology. doi: [10.1371/journal.pbio.3001007](https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001007).
<br /><br />
---
<br />
This documentation covers downloading and installing ClipKIT. Details about each function as well as tutorials for using ClipKIT are available in the [online documentation](https://jlsteenwyk.com/ClipKIT/).
<br />
**Installation**
**If you are having trouble installing ClipKIT, please contact the lead developer, Jacob L. Steenwyk, via [email](https://jlsteenwyk.com/contact.html) or [twitter](https://twitter.com/jlsteenwyk) to get help.**
To install using *pip*, we strongly recommend building a virtual environment to avoid software dependency issues. To do so, execute the following commands:
```shell
# create virtual environment
python -m venv .venv
# activate virtual environment
source .venv/bin/activate
# install clipkit
pip install clipkit
```
**Note, the virtual environment must be activated to use *clipkit*.**
After using ClipKIT, you may wish to deactivate your virtual environment and can do so using the following command:
```shell
# deactivate virtual environment
deactivate
```
<br />
Similarly, to install from source, we strongly recommend using a virtual environment. To do so, use the following commands:
```shell
# download
git clone https://github.com/JLSteenwyk/ClipKIT.git
cd ClipKIT/
# create virtual environment
python -m venv .venv
# activate virtual environment
source .venv/bin/activate
# install
make install
```
To deactivate your virtual environment, use the following command:
```shell
# deactivate virtual environment
deactivate
```
**Note, the virtual environment must be activated to use *clipkit*.**
<br />
To install via anaconda, execute the follwoing command:
``` shell
conda install -c jlsteenwyk clipkit
```
Visit here for more information: https://anaconda.org/jlsteenwyk/clipkit
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.79 | biopython |
| >=1.18 | numpy |
| >=4.45 | tqdm |
| - | cython |
نحوه نصب
نصب پکیج whl clipkit-1.4.1:
pip install clipkit-1.4.1.whl
نصب پکیج tar.gz clipkit-1.4.1:
pip install clipkit-1.4.1.tar.gz