معرفی شرکت ها
clarite-2.3.3
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
CLeaning to Analysis: Reproducibility-based Interface for Traits and Exposures
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | clarite-2.3.3 |
| نام | clarite |
| نسخه کتابخانه | 2.3.3 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Andre Rico |
| ایمیل نویسنده | alr6366@psu.edu |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/HallLab/clarite-python/ |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/clarite/ |
| مجوز | BSD-3-Clause |
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/HallLab/clarite-python/master/docs/source/_static/clarite_logo.png
:target: https://clarite-python.readthedocs.io/en/stable/
:align: center
:alt: CLARITE Logo
------------
.. image:: https://img.shields.io/badge/python-3.7+-blue.svg?style=flat-square
:target: https://pypi.python.org/pypi/clarite
:alt: Python version
.. image:: https://img.shields.io/pypi/v/clarite.svg?style=flat-square
:target: https://pypi.org/project/clarite/
:alt: PyPI
.. image:: https://img.shields.io/github/workflow/status/HallLab/clarite-python/CI?style=flat-square
:target: https://github.com/HallLab/clarite-python/actions?query=workflow%3ACI
:alt: Build status
.. image:: https://img.shields.io/readthedocs/clarite-python?style=flat-square
:target: https://clarite-python.readthedocs.io/en/latest/
:alt: Docs
.. image:: https://img.shields.io/codecov/c/gh/HallLab/clarite-python.svg?style=flat-square
:target: https://codecov.io/gh/HallLab/clarite-python/
:alt: Test coverage
.. image:: https://img.shields.io/pypi/l/clarite?style=flat-square
:target: https://opensource.org/licenses/BSD-3-Clause
:alt: License
.. image:: https://img.shields.io/badge/code%20style-Black-black?style=flat-square
:target: https://github.com/psf/black
:alt: Black
------------
CLeaning to Analysis: Reproducibility-based Interface for Traits and Exposures
==============================================================================
* Free software: 3-clause BSD license
* Documentation: https://www.hall-lab.org/clarite-python/.
Examples
--------
**Run an EWAS in a few lines of code**
.. image:: docs/source/_static/code/quick_ewas.png
|
**More realistically, perform some QC first:**
.. image:: docs/source/_static/code/filters.png
|
**Genotype data is supported via Pandas-Genomics**
.. image:: docs/source/_static/code/gwas.png
Installation
------------
In order to use the *r_survey* regression_kind in the *ewas* function, R must be installed along with the *survey* library.
1. Install R and ensure it is accessible from the command line. You may need to add its location to the PATH environmental variable.
2. Use *install.packages* in R to install the *survey* library.
Questions
---------
If you have any questions not answered by the `documentation <https://clarite-python.readthedocs.io/en/latest/>`_,
feel free to open an `Issue <https://github.com/HallLab/clarite-python/issues>`_.
Citing CLARITE
--------------
1.
Lucas AM, et al (2019)
`CLARITE facilitates the quality control and analysis process for EWAS of metabolic-related traits. <https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fgene.2019.01240>`_
*Frontiers in Genetics*: 10, 1240
2.
Passero K, et al (2020)
`Phenome-wide association studies on cardiovascular health and fatty acids considering phenotype quality control practices for epidemiological data. <https://www.worldscientific.com/doi/abs/10.1142/9789811215636_0058>`_
*Pacific Symposium on Biocomputing*: 25, 659
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >7 | click |
| >=1.3,<2.0 | pandas |
| >=1.9,<2.0 | scipy |
| >0.9 | seaborn |
| >=0.13,<0.14 | statsmodels |
| >=3.4.2,<4.0.0 | matplotlib |
| >=1.24,<2.0 | numpy |
| >=3.4.5,<4.0.0 | rpy2 |
| >=2.1,<3.0 | tzlocal |
| >=3.2.1,<4.0.0) | sphinx |
| >=1.1.0,<2.0.0) | numpydoc |
| >=0.5.0,<0.6.0) | sphinx_rtd_theme |
| >=0.3.0,<0.4.0) | sphinx-copybutton |
| >=7.18.1,<8.0.0) | ipython |
| >=4,<5) | sphinx-click |
| >=5.2.0,<6.0.0 | importlib-metadata |
| >=0.12,<0.13 | pandas-genomics |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8.0,<3.11.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl clarite-2.3.3:
pip install clarite-2.3.3.whl
نصب پکیج tar.gz clarite-2.3.3:
pip install clarite-2.3.3.tar.gz