معرفی شرکت ها
claml2transmart-0.1.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Example ClaML to TranSMART loader
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | claml2transmart-0.1.5 |
| نام | claml2transmart |
| نسخه کتابخانه | 0.1.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Gijs Kant |
| ایمیل نویسنده | gijs@thehyve.nl |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/thehyve/python_claml2transmart |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/claml2transmart/ |
| مجوز | MIT |
################################################################################
ClaML ontology to TranSMART loader
################################################################################
|Build status| |codecov| |pypi| |downloads|
.. |Build status| image:: https://travis-ci.org/thehyve/python_claml2transmart.svg?branch=master
:alt: Build status
:target: https://travis-ci.org/thehyve/python_claml2transmart/branches
.. |codecov| image:: https://codecov.io/gh/thehyve/python_claml2transmart/branch/master/graph/badge.svg
:alt: codecov
:target: https://codecov.io/gh/thehyve/python_claml2transmart
.. |pypi| image:: https://img.shields.io/pypi/v/claml2transmart.svg
:alt: PyPI
:target: https://pypi.org/project/claml2transmart/
.. |downloads| image:: https://img.shields.io/pypi/dm/claml2transmart.svg
:alt: PyPI - Downloads
:target: https://pypi.org/project/claml2transmart/
This package contains a mapper that reads ontologies in Classification Markup Language (ClaML) format
and translates them to the data model of the TranSMART_ platform,
an open source data sharing and analytics platform for translational biomedical research.
It also provides a utility that applies the mapper and writes the translated data,
using transmart-loader_, to tab-separated files
that can be loaded into a TranSMART database using the transmart-copy_ tool.
The packages uses the python-claml_ package for reading ClaML files.
⚠️ Note: this is a very preliminary version, still under development.
Issues can be reported at https://github.com/thehyve/python_claml2transmart/issues.
.. _python-claml: https://pypi.org/project/python-claml/
.. _TranSMART: https://github.com/thehyve/transmart_core
.. _transmart-copy: https://github.com/thehyve/transmart-core/tree/dev/transmart-copy
.. _transmart-loader: https://pypi.org/project/transmart-loader
Installation
------------
The package requires Python 3.6.
To install ``claml2transmart``, do:
.. code-block:: bash
pip install claml2transmart
Or from source:
.. code-block:: bash
git clone https://github.com/thehyve/python_claml2transmart.git
cd python_claml2transmart
pip install .
Run tests (including coverage) with:
.. code-block:: bash
python setup.py test
Usage
-----
Read ontology from an XML file in ClaML format and write the output in transmart-copy
format to ``/path/to/output``. The output directory should be
empty of not existing (then it will be created).
.. code-block:: bash
claml2transmart [--code-prefix] <system> <input.xml> /path/to/output
With ``--code_prefix``, the concept code is used as prefix for the concept label.
Example: the ICD-10-GM (German modification of ICD-10) is available at icd10gm2019syst-claml.zip_.
.. _icd10gm2019syst-claml.zip: https://www.dimdi.de/dynamic/.downloads/klassifikationen/icd-10-gm/version2019/icd10gm2019syst-claml.zip
.. code-block:: bash
# Unzip and navigate to the classification directory
mkdir icd10gm2019syst-claml
cd icd10gm2019sys-claml
unzip ../icd10gm2019syst-claml.zip
# create an output directory
mkdir output
# apply the mapping
claml2transmart http://dimdi.de/icd10gm2019 Klassifikationsdateien/icd10gm2019syst_claml_20180921.xml output
This generates the directories ``i2b2metadata`` and ``i2b2demodata`` in the ``output`` directory.
The generated data can be loaded using transmart-copy_:
.. code-block:: console
# Download transmart-copy:
curl -f -L https://repo.thehyve.nl/service/local/repositories/releases/content/org/transmartproject/transmart-copy/17.1-HYVE-5.9-RC3/transmart-copy-17.1-HYVE-5.9-RC3.jar -o transmart-copy.jar
# Load data
PGUSER=tm_cz PGPASSWORD=tm_cz java -jar transmart-copy.jar -d output
Acknowledgement
---------------
This project was funded by the German Ministry of Education and Research (BMBF) as part of the project
DIFUTURE - Data Integration for Future Medicine within the German Medical Informatics Initiative (grant no. 01ZZ1804D).
License
-------
Copyright (c) 2019 The Hyve B.V.
The ClaML ontology to TranSMART loader is licensed under the MIT License. See the file LICENSE_.
.. _LICENSE: https://github.com/thehyve/python_claml2transmart/blob/master/LICENSE
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| <8.0,>=7.0 | click |
| <1.4.0,>=1.3.5 | transmart-loader |
| <1.2.0,>=0.1.1 | python-claml |
| - | prospector[with_pyroma] |
| - | yapf |
| - | isort |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl claml2transmart-0.1.5:
pip install claml2transmart-0.1.5.whl
نصب پکیج tar.gz claml2transmart-0.1.5:
pip install claml2transmart-0.1.5.tar.gz