معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A CLI to handle PATRIC data from the FTP

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cirtap-0.3.1
نام	cirtap
نسخه کتابخانه	0.3.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	papanikos
ایمیل نویسنده	nikos.c.pappas@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/MGXlab/cirtap/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cirtap/
مجوز	MIT

# cirtap A command-line utility to handle PATRIC data from their FTP Check out the [wiki page](https://github.com/MGXlab/cirtap/wiki) for more info. ## Installation ``` $ pip install cirtap ``` ## Usage ``` Usage: cirtap [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Run `cirtap COMMAND -h` for subcommand help Options: --version Show the version and exit. --help Show this message and exit. Commands: best Select best genomes based on stats retrieved from genome_summary collect Create sequence sets based on the installed files index Create an index of contents for all directories mirror Mirror all data from ftp.patricbrc.org in the specified DB_DIR pack Create a gzipped tar archive from a list of genome ids in a file ``` ## Quickstart ### mirror * Start a new mirror of all data in a local path, wiht 8 parallel downloads ``` $ cirtap mirror -j 8 some/path ``` * Resume a failing job ``` $ cirtap mirror -j 8 -r some/path ``` * Archive previous release notes and send notification emails when a mirror job launches or fails to some users ``` $ cirtap mirror -j 8 --notify user1@example.com,user2@gmail.com --archive-notes some/path ``` --- **The rest of the commands assume a mirror is set up** ### index * Create a presence/absence index of files installed ``` $ cirtap index -j 16 path/to/genomes index.tsv ``` This is useful for selecting genomes based on file presence ### collect * Collect all proteins for e.g. building a `blastp` database ``` $ cirtap collect -t proteins -j 4 -i path/to/index.tsv path/to/genomes all_proteins.fa.gz ``` * Collect all 16S SSU sequences ``` $ cirtap collect -t SSU -j 4 -i path/to/index.tsv path/to/genomes SSU.fa.gz ``` ### best * Make a selection of best genomes based on completeness, consistency, fine/coarse consistency. ``` $ cirtap best -i path/to/index.tsv -d path/to/local/patric best_genomes ```

نیازمندی

مقدار	نام
>=1.1.4	pandas
-	biopython
>=8.0	click
-	tqdm
-	ete3
-	importlib-metadata
-	setuptools
-	pytest
-	pytest-cov

نحوه نصب

نصب پکیج whl cirtap-0.3.1:

pip install cirtap-0.3.1.whl

نصب پکیج tar.gz cirtap-0.3.1:

pip install cirtap-0.3.1.tar.gz