معرفی شرکت ها
circDraw-0.1.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A python package for circDraw visualization and server command line interface
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | circDraw-0.1.0 |
| نام | circDraw |
| نسخه کتابخانه | 0.1.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Yimin Zheng, Tianqin Li |
| ایمیل نویسنده | zym.zym1220@gmail.com, jacklitianqin@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/Mr-Milk/circDraw-py |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/circDraw/ |
| مجوز | - |
# circDraw-py
[](https://badge.fury.io/py/circDraw)
This is a stand alone project which extends the power of [circDraw](https://www.circdraw.com/) service.
### Dependency
- [Matplotlib](https://matplotlib.org/) 3.1.2
- [Numpy](https://numpy.org/) 1.18.0
- [Colour](https://pypi.org/project/colour/) 0.1.5
- [Requests](https://pypi.org/project/requests/2.7.0/) 2.22.0
## Usage: Draw with circDraw
CircDraw provides python package to use when drawing circular RNA with the emphasis on backspliting sites visulization and epigenetic marker display. Import `circDraw` class via your favourite python3 interpreter or enbed it inside a script to use the drawing function.
```python
from circDraw import circDraw
# initiate a circDraw instance
cd = circDraw()
# set color of circ_on_chr (optional)
cd.set_palette(["#5CA0F2", "#FF881D", '#e30067', '#924900','#ab9c00','#ccd0d2', '#075800', '#5e0094',])
# set color of modifications (optional)
mod_palette = {'m6a': '#E98B2A',
'm5c': '#E16B8C',
'm1a': '#64363C',
'pu': '#ffa12c',
'2ome': '#1a6f00',
'mre': '#6D2E5B',
'rbp': "#2B5F75",
'orf': '#516E41'}
cd.set_mod_palette(mod_palette)
# draw backsplicing site on chromosome region
cd.circ_on_chr('/path/to/file')
# draw modifications on circRNA
cd.mod_on_circ('/path/to/file')
```
<p align="center">
<img src='/src/circDraw.png' width='85%'>
<img src='/src/hsa_circ_0001.png' width='65%'>
</p>
### Method
#### circ_on_chr
```python
circDraw.circ_on_chr(file, title='circDraw', dpi=300, save='png', show=True, size=(10, 5))
```
- File:
- Only supported 'csv'
- | Start | End | Type | Name | Color (Optional) |
| ----- | ---- | ---- | ---- | ---------------- |
- Start < End
- Type: **circ**, **exon**, **intron**, **gene**
- Color: RGB, RGBA, hex, or [supported color names](https://matplotlib.org/examples/color/named_colors.html).
- Title: The title of the plot
- Save: file format you wish to save as, **PNG**, **PDF**, **JPEG**, etc.
- Show: Bool, wheather to show the plot after rendering.
- Size: (Length, Width) the size of the plot.
#### mod_on_circ
```python
circDraw.mod_on_circ(self, file, dpi=100, save='png', show=True, size=(7, 7), sep_mod=False)
```
- File:
- Only supported 'csv'
- | Start | End | Type | Name | Color (Optional) |
| ----- | ---- | ---- | ---- | ---------------- |
- Start < End
- Type: **circ**, **exon**, **intron**, and modifications type
- Modifications type: **m6A**, **m1A**, **m5C**, **pU**, **2OMe**, **MRE**, **RBP**, **ORF**
- Color: RGB, RGBA, hex, or [supported color names](https://matplotlib.org/examples/color/named_colors.html).
- Save: file format you wish to save as, **PNG**, **PDF**, **JPEG**, etc.
- Show: Bool, wheather to show the plot after rendering.
- Size: (Length, Width) the size of the plot.
- sep_mod: Bool, prevent the modifications from overlapping if set **True**.
#### set_palette
```python
circDraw.set_palette(palette)
```
A list of colors, the length of the list must bigger than 5.
#### set_mod_palette
```python
circDraw.set_mod_palette(palette)
```
A dictionary of colors match with the modification. You can change any one of the modification colors.
## More information
This a part of circDraw project. Please visit our [Contact](https://www.circdraw.com/information/about) page if you have any questions.
**Copyright**: Qu Lab, School of Life Science, Sun Yat-sen University, Guangzhou, CHINA.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | matplotlib |
| - | colour |
| - | requests |
نحوه نصب
نصب پکیج whl circDraw-0.1.0:
pip install circDraw-0.1.0.whl
نصب پکیج tar.gz circDraw-0.1.0:
pip install circDraw-0.1.0.tar.gz