معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Causal INdependent Effect Module Attribution + Optimal Transport

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cinemaot-0.0.3
نام	cinemaot
نسخه کتابخانه	0.0.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Mingze Dong
ایمیل نویسنده	mingze.dong@yale.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/vandijklab/CINEMA-OT
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cinemaot/
مجوز	-

# Causal INdependent Effect Module Attribution + Optimal Transport (CINEMA-OT) CINEMA-OT is a **causal** framework for perturbation effect analysis to identify **individual treatment effects** and **synergy** at the **single cell** level. ## Architecture <img width="1411" alt="CINEMAOT_gitfig" src="https://user-images.githubusercontent.com/68533876/204625392-f4de2fd1-8cd0-4aac-81f8-6155b52a7630.png"> Read our preprint on bioRxiv: - Dong, Mingze, et al. "Causal identification of single-cell experimental perturbation effects with CINEMA-OT". bioRxiv (2022). [https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.31.502173v2](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.31.502173v2) ## System requirements ### Hardware requirements `CINEMA-OT` requires only a standard computer with enough RAM to perform in-memory computations. ### OS requirements The `CINEMA-OT` package is supported for all OS in principle. The package has been tested on the following systems: * macOS: Monterey (12.4) * Linux: RHEL Maipo (7.9), Ubantu (18.04) ### Dependencies See `setup.cfg` for details. ## Installation CINEMA-OT requires `python` version 3.7+. Install directly from github with: pip install git+https://github.com/vandijklab/CINEMA-OT The installation should take no more than a few minutes on a normal desktop computer. ## Usage For detailed usage, follow our step-by-step tutorial here: - [Getting Started with CINEMA-OT](https://github.com/vandijklab/CINEMA-OT/blob/main/cinemaot_tutorial.ipynb) Download the data used for the tutorial here: - [Ex vivo stimulation of human peripheral blood mononuclear cells (PBMC) with interferon](https://drive.google.com/file/d/1A3rNdgfiXFWhCUOoUfJ-AiY7AAOU0Ie3/view?usp=sharing)

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy
-	pandas
-	scanpy
-	sklearn
-	scipy
-	statsmodels
-	anndata

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cinemaot-0.0.3:

pip install cinemaot-0.0.3.whl

نصب پکیج tar.gz cinemaot-0.0.3:

pip install cinemaot-0.0.3.tar.gz