معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

UNKNOWN

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	ciipromol-0.1.0
نام	ciipromol
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Daniel P. Russo
ایمیل نویسنده	russodanielp@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	UNKNOWN
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ciipromol/
مجوز	LICENSE.txt

# CIIProMol ## ciipro.rutgers.edu ### Outline - 1. From a set of SMILES * obtain CIDS * Get bioassays for each compound 2. Concatenate bioassays into a bioprofile * eliminate bioassays based of number of actives * remove invivo assays * remove highly correlated assays 3. Find invitro/invivo correlations * remove assays based on different stats * use those stats to find bio nearest neighbors * find the assays that minimize the difference in activity between target cmp and nn A python class for extending [CIIPro](ciipro.rutgers.edu) functionality. CIIProMol looks to extend the [Python rdkit API] (http://www.rdkit.org/docs/api/index.html). CIIProMol requires several packages (e.g., rdkit, Pandas, Numpy). These dependencies are listed in the file `explicit-spec-file.txt` and can be loaded directly into a new [conda](http://conda.pydata.org/docs/) environment. Use the following code to install the required Python packages into a new conda environment. ```bash $ conda create --name ciipromol --file explicit-spec-file.txt ``` CIIProMol is broken down into three modules: 1) `ciipromol.py` 2) `ciiprofiler.py` 3) `ciipredictor.py` ### ciipromol Contains `class CIIProMol`. A `CIIProMol` object can by instantiated with an rdkit `Mol` object. ```python from ciipromol import * from rdkit import Chem mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O') cpm = CIIProMol(mol, activity=20.0) ``` If `cids=None` (default), all PubChem Compound ID's (CIDs) associated with that structure will be retrieved. Biological assays associated with those CIDs can be retrieved. ```python cpm.GetBioAssays() ``` If `attribute=True` (default), the BioAssays can be acccessed as a Pandas DataFrame using the attribute, `cpm.BioAssays` ### ciiprofiler Contains `class CIIProfiler`. A `CIIProfiler` object can be instantiated by passing a list of `CIIProMol` objects. ```python ciiprofiler = CIIProfiler([cpm1, cpm2, cmp3]) ``` The function `MakeBioProfiler()` will concatenate the attributes `cpm1.BioAssays`, `cpm2.BioAssays`, etc., into one matrix.

نحوه نصب

نصب پکیج whl ciipromol-0.1.0:

pip install ciipromol-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz ciipromol-0.1.0:

pip install ciipromol-0.1.0.tar.gz