معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

To get the coordinates of a given CIGAR string. By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cigar-coordinates-0.0.1
نام	cigar-coordinates
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanliang Meng
ایمیل نویسنده	mengguanliang@foxmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cigar-coordinates/
مجوز	-

# cigar_coordinates ## 1 Introduction `cigar_coordinates` is a tool To get the coordinates of a given CIGAR string. CIGARs are in respect of the reference sequence. By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates. `cigar_coordinates` understands the following CIGAR characters: seq - - - N N N O O O refseq - N O N - O O N - cigar P n D B u U M N I ## 2 Installation pip install cigar_coordinates There will be a command `cigar_coordinates` created under the same directory as your `pip` command. ## 3 Usage $ cigar_coordinates usage: cigar_coordinates [-h] -c <STR> [-s <INT>] [-q] [-d {+,-}] To get the coordinates of a given CIGAR string. By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates. I understand the following CIGAR types: seq - - - N N N O O O refseq - N O N - O O N - cigar P n D B u U M N I The output coordinates are closed intervals. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -c <STR> input CIGAR string -s <INT> the start coordinate on the sequence, whatever the gene direction is, this option is always the smaller one. [1] -q the '-s' option is about query sequence, not refseq [True] -d {+,-} the gene direction [+] ## 4 Example For a gene: ND1;len=945;\[2444:3389\]$\+$ $ cigar_coordinates -c 6D166M268N511M -s 2444 6D 2444 2444 166M 2444 2609 268N 2610 2877 511M 2878 3388 ## 5 Author Guanliang MENG ## 6 Citation Currently I have no plan to publish `cigar_coordinates`.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cigar-coordinates-0.0.1:

pip install cigar-coordinates-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz cigar-coordinates-0.0.1:

pip install cigar-coordinates-0.0.1.tar.gz