معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

The CIDC NGS Pipeline output APIs

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cidc-ngs-pipeline-api-0.1.9
نام	cidc-ngs-pipeline-api
نسخه کتابخانه	0.1.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Stephen C van Nostrand
ایمیل نویسنده	vannost@ds.dfci.harvard.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/CIMAC-CIDC/cidc-ngs-pipeline-api
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cidc-ngs-pipeline-api/
مجوز	MIT license

# CIDC NGS Pipeline API ![Continuous Integration](https://github.com/CIMAC-CIDC/cidc-ngs-pipeline-api/workflows/Continuous%20Integration/badge.svg?branch=master) [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](https://opensource.org/licenses/MIT) ### Overview This repository serves as an interface between the CIDC and Bioinformatics teams to determine specifications and documentation related to NGS pipelines. Repository structure: ``` . ├── README.md ├── cidc_ngs_pipeline_api │ ├── output_API.schema.json │ ├── rna │ │ ├── rna.md │ │ ├── rna_config.schema.json │ │ ├── rna_output_API.json │ │ └── imgs │ | └── RIMA.png │ ├── atacseq │ │ ├── atacseq.md │ │ ├── atacseq_output_API.json │ │ └── imgs │ | └── atacseq.png │ ├── tcr │ │ ├── tcr.md │ │ └── imgs │ | └── TCRseq.png │ └── wes │ ├── wes.md │ ├── wes_config.schema.json │ ├── wes_output_API.json │ ├── wes_tumor_only_output_API.json │ ├── wes_output_API.py │ └── imgs │ └── wes.png ├── tests │ └── test_apis.py ├── requirements.dev.txt ├── requirements.txt ├── MANIFEST.in ├── CHANGELOG.md ├── setup.py └── .github └── workflows └── ci.yml ``` ## cidc_ngs_pipeline_api module * The `output_API.schema.json` file defines the schema structure: - `filter_group`: Filter under which the file would appear during faceted search. It is the GCS-URI top-level hierarchy - `file_path_template`: Local file path used for CLI upload - `short_description`: Description to appear on hovering over file name in file browser - `long_description`: Longer description to appear on file documentation page - `file_purpose`: Assigns a tag to show up in a particular file-browser view configuration. Permissible values: `Source view`, `Analysis view`, `Clinical view`, `Miscellaneous` * Within the directory for each assay: * The defined schema is used to structure information about pipeline-related files in the respective `< assay >_output_API.json`. * Information related to YAML configurations (which are generated by the CIDC and configured with CIMAC IDs to run the pipelines), are described in the respective `< assay > config.schema.json`. * Documentation related to each pipeline is in the respective `< assay > .md`. ### Developer Setup Install necessary dependencies. ```bash pip install -r requirements.dev.txt ``` Install and configure pre-commit hooks. ```bash pre-commit install ```

نیازمندی

مقدار	نام
==3.0.1	jsonschema

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cidc-ngs-pipeline-api-0.1.9:

pip install cidc-ngs-pipeline-api-0.1.9.whl

نصب پکیج tar.gz cidc-ngs-pipeline-api-0.1.9:

pip install cidc-ngs-pipeline-api-0.1.9.tar.gz