معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Toolkit for cleaning and interpreting multiple sequence alignments

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cialign-1.1.0
نام	cialign
نسخه کتابخانه	1.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Charlotte Tumescheit, Katy Brown
ایمیل نویسنده	kab84@cam.ac.uk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/KatyBrown/CIAlign
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cialign/
مجوز	-

![CI](https://github.com/KatyBrown/CIAlign/actions/workflows/main.yml/badge.svg) # CIAlign CIAlign documentation is now available via [ReadTheDocs](https://cialign.readthedocs.io/en/latest/) ## Summary CIAlign allows the user to: **Clean** * Remove sources of noise from an MSA * Remove sequences above a threshold level percentage of divergence from the majority. * Remove insertions which are not present in the majority of sequences. * Crop poorly aligned sequence ends. * Remove short sequences below a threshold number of bases or amino acids. * Remove columns containing only gaps. * Remove either end of an alignment where columns don't meet a minimum identity threshold and coverage level. **Visualise** * Visualise alignments. * Generate image files summarising the alignment. * Label these images to show how CIAlign has affected the alignment. * Draw sequence logos * Plot alignment statistics - visualise coverage and conservation at each position in the alignment. **Interpret** * Generate consensus sequences. * Generate position frequency, position probability and position weight matrices * Format these matrices to be used as input for the BLAMM and MEME motif analysis tools. * Generate a similarity matrix showing the percentage identity between each sequence pair. **Edit** * Extract a section of the alignment. * Unalign the alignment. * Replace U with T, or T with U in a nucleotide alignment. CIAlign is designed to be highly customisable, allowing users to specify exactly which functions to run and which settings to use. It is also transparent, generating a clear log file and alignment markup showing exactly how the alignment has changed and what has been removed by which function. ## Citation If you found CIAlign useful, please cite: Tumescheit C, Firth AE, Brown K. 2022. CIAlign: A highly customisable command line tool to clean, interpret and visualise multiple sequence alignments. PeerJ 10:e12983 https://doi.org/10.7717/peerj.12983 ## Mailing List Sign up here for updates when a new feature is added to CIAlign

نیازمندی

مقدار	نام
-	matplotlib
>=1.21.0	numpy
-	ConfigArgParse
-	pillow

نحوه نصب

نصب پکیج whl cialign-1.1.0:

pip install cialign-1.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz cialign-1.1.0:

pip install cialign-1.1.0.tar.gz