معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Package for chemical structure analysis of atomic files

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	chemstruct-2019.6.2
نام	chemstruct
نسخه کتابخانه	2019.6.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Pedro Guerra Demingos
ایمیل نویسنده	pdemingos@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/pdemingos/chemstruct
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/chemstruct/
مجوز	-

ChemStruct: Chemical Structure Analysis Package ================================================ ## About ChemStruct is a Python package for structural analysis of atomic files (like `.xyz` files) and assistance with molecular dynamics simulations on LAMMPS. ChemStruct computes bonds based on the distance between atoms, as well as angles and dihedrals, hybridization, cycles, etc. It also writes LAMMPS Data Files with `atom_style full` for a given `.xyz` file, using CGenFF (CHARMM General Force Field) atomic classification and original parameters. Ready-to-run examples can be found in the `examples` directory. ## Usage Install ChemStruct using pip: ```bash pip3 install chemstruct ``` Then run Python, import the package and use the `write_lmpdat()` function to convert your xyz file into a LAMMPS Data File: ```bash from chemstruct.quick import write_lmpdat write_lmpdat("yourdir/yourfile.xyz", "outdir/outfile.lmp") ``` Note that: (1) The `write_lmpdat()` function will take a break while the user is checking the parameters in the `.par` file (written in the same directory as the input `.xyz` file, with the same name plus `_(computed_parameters).par`). This is needed because not all bonds/angles/dihedrals found in the input file will always have parameters, so a few manual additions may be necessary. Another necessity is the choice of atomic charges, since CHARMM doesn't have a one-for-one class-charge correspondence. ChemStruct makes suggestions for charges. If your system if simple enough, no manual editing will be necessary. (2) The `write_lmpdat()` function requires a defined Lattice in the input `.xyz` file, e.g. as generated by Ovito (open-source visualization software). The Lattice is needed when the system is periodic -- if that is not the case, writing `Lattice="10.0 0.0 0.0 0.0 10 0.0 0.0 0.0 10.0"`in the second line of your `.xyz` file will make it work. ## Contact Send any bugs or suggestions to `pdemingos@gmail.com`.

نحوه نصب

نصب پکیج whl chemstruct-2019.6.2:

pip install chemstruct-2019.6.2.whl

نصب پکیج tar.gz chemstruct-2019.6.2:

pip install chemstruct-2019.6.2.tar.gz