معرفی شرکت ها

chembl-structure-pipeline-1.2.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.2.0
1.1.0
1.2.0
1.1.0

توضیحات

ChEMBL Structure Pipeline
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل chembl-structure-pipeline-1.2.0
نام chembl-structure-pipeline
نسخه کتابخانه 1.2.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Greg Landrum
ایمیل نویسنده greg.landrum@t5informatics.com
آدرس صفحه اصلی https://www.ebi.ac.uk/chembl/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/chembl-structure-pipeline/
مجوز MIT
[![CI Testing](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/workflows/CI/badge.svg)](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/actions?query=workflow%3ACI+branch%3Amaster) [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](https://opensource.org/licenses/MIT) # ChEMBL Structure Pipeline ChEMBL protocols used to standardise and salt strip molecules. First used in ChEMBL 26. Check the [wiki](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/wiki) and paper[[1]](#1) for a detailed description of the different processes. ## Installation From source: git clone https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline.git pip install ./ChEMBL_Structure_Pipeline with pip: ```bash pip install chembl_structure_pipeline ``` with conda: ```bash conda install -c conda-forge chembl_structure_pipeline ``` ## Usage ### Standardise a compound [(info)](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/wiki/Work-done-by-each-step#standardize_molblock) ```python from chembl_structure_pipeline import standardizer o_molblock = """ Mrv1810 07121910172D 4 3 0 0 0 0 999 V2000 -2.5038 0.4060 0.0000 C 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.5038 1.2310 0.0000 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -3.2182 -0.0065 0.0000 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.7893 -0.0065 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 1 3 1 0 0 0 0 1 4 1 4 0 0 0 M CHG 2 2 -1 3 1 M END """ std_molblock = standardizer.standardize_molblock(o_molblock) ``` ### Get the parent compound [(info)](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/wiki/Work-done-by-each-step#get_parent_molblock) ```python from chembl_structure_pipeline import standardizer o_molblock = """ Mrv1810 07121910262D 3 1 0 0 0 0 999 V2000 -5.2331 1.1053 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -4.5186 1.5178 0.0000 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -2.8647 1.5789 0.0000 Cl 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 M CHG 2 2 1 3 -1 M END """ parent_molblock, _ = standardizer.get_parent_molblock(o_molblock) ``` ### Check a compound [(info)](https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline/wiki/Work-done-by-each-step#checkmolecule) The checker assesses the quality of a structure. It highlights specific features or issues in the structure that may need to be revised. Together with the description of the issue, the checker process returns a penalty score (between 0-9) which reflects the seriousness of the issue (the higher the score, the more critical is the issue) ```python from chembl_structure_pipeline import checker o_molblock = """ Mrv1810 02151908462D 4 3 0 0 0 0 999 V2000 2.2321 4.4196 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.0023 4.7153 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4117 4.5059 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.9568 3.6420 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 1 0 0 0 1 3 1 0 0 0 0 1 4 1 0 0 0 0 M END """ issues = checker.check_molblock(o_molblock) ``` ## References <a id="1">[1]</a> Bento, A.P., Hersey, A., Félix, E. et al. An open source chemical structure curation pipeline using RDKit. J Cheminform 12, 51 (2020). https://doi.org/10.1186/s13321-020-00456-1


نیازمندی

مقدار نام
>=46.4.0 setuptools
>=2022.09.01 rdkit


نحوه نصب


نصب پکیج whl chembl-structure-pipeline-1.2.0:

    pip install chembl-structure-pipeline-1.2.0.whl


نصب پکیج tar.gz chembl-structure-pipeline-1.2.0:

    pip install chembl-structure-pipeline-1.2.0.tar.gz