معرفی شرکت ها

checkm-genome-1.2.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Assess the quality of putative genome bins.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل checkm-genome-1.2.2
نام checkm-genome
نسخه کتابخانه 1.2.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Donovan Parks, Michael Imelfort, Connor Skennerton
ایمیل نویسنده donovan.parks@gmail.com
آدرس صفحه اصلی http://pypi.python.org/pypi/checkm-genome/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/checkm-genome/
مجوز GPL3
# CheckM [![version status](https://img.shields.io/pypi/v/checkm-genome.svg)](https://pypi.python.org/pypi/checkm-genome) [![Bioconda](https://img.shields.io/conda/vn/bioconda/checkm-genome.svg?color=green)](https://anaconda.org/bioconda/checkm-genome) [![Downloads](https://pepy.tech/badge/checkm-genome/month)](https://pepy.tech/project/checkm-genome) [![BioConda Install](https://img.shields.io/conda/dn/bioconda/checkm-genome.svg?style=flag&label=BioConda%20install)](https://anaconda.org/bioconda/checkm-genome) ## Installing and using CheckM Please see the project home page for usage details and installation instructions: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki We do not recommend installing CheckM from the master branch. This may be unstable. Please install an official release of CheckM or use pip. ## Estimating quality of CPR genomes Information about obtaining improved quality estimates for CPR (Patescibacteria) genomes can be found here: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/Workflows#using-cpr-marker-set ## Migration to Python 3 CheckM has been ported to Python 3 to accomodate Python 2 reaching [end of life](https://pythonclock.org/) on January 1, 2020. CheckM >=1.1.0 requires Python 3. Python 2 will no longer be actively supported. Apologies for any issues this may cause. Massive thanks to [baudrly](https://github.com/baudrly), [Vini Salazar](https://github.com/vinisalazar), and [Asaf Peer](https://github.com/asafpr) for initial Python 2 to 3 porting. ### Python 2 to 3 Validation Porting of CheckM to Python 3 was validation on a set of 1,000 genomes randomly select from the [GTDB](https://gtdb.ecogenomic.org/) R89 representative genomes. Results were compared to those generated with CheckM v1.0.18, the last Python 2 version of CheckM. Identical results were obtained for the 'lineage_wf', 'taxonomy_wf', and 'ssu_finder' methods across this set of test genomes. Other CheckM methods have been executed on a small set of 3 genomes to verify they run to completion under Python 3. ### Removed Functionality The following features have been removed from CheckM v1.1.x in order to simplify the code base and focus CheckM and support requests on critical functionality: * bin_qa_plot: non-critical, rarely used plot which does not scale to the large numbers of MAGs now being recovered * par_plot: non-critical plot and the same information is better presented in the reference distribution plots * cov_pca, tetra_pca: alternatives to these static plots exist in tools such as [Anvi'o](http://merenlab.org/software/anvio/) * len_plot: rarely used plot which is largely redundant with the len_hist and nx_plot plots * bin_union, bin_compare: feature rich alternative now exist such as [DAS Tool](https://github.com/cmks/DAS_Tool) and [UniteM](https://github.com/dparks1134/UniteM) ## Bug Reports Please report bugs through the GitHub issues system. Copyright © 2014 Donovan Parks, Connor Skennerton, Michael Imelfort. See LICENSE for further details.


نیازمندی

مقدار نام
>=1.21.3 numpy
>=1.7.3 scipy
>=3.5.1 matplotlib
>=0.19.0 pysam
>=4.5.2 dendropy
- setuptools


نحوه نصب


نصب پکیج whl checkm-genome-1.2.2:

    pip install checkm-genome-1.2.2.whl


نصب پکیج tar.gz checkm-genome-1.2.2:

    pip install checkm-genome-1.2.2.tar.gz