معرفی شرکت ها
checkatlas-0.2.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
One liner tool to check the quality of your single-cell atlases.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | checkatlas-0.2.2 |
| نام | checkatlas |
| نسخه کتابخانه | 0.2.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | becavin-lab |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | https://checkatlas.readthedocs.io/ |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/checkatlas/ |
| مجوز | MIT |
# CheckAtlas
[](https://codecov.io/gh/becavin-lab/checkatlas)
[](https://github.com/becavin-lab/checkatlas/actions/workflows/tests.yml)
[](https://checkatlas.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest)
CheckAtlas is a one liner tool to check the quality of your single-cell atlases. For every atlas, it produces the
quality control tables and figures which can be then processed by multiqc. CheckAtlas is able to load Scanpy, Seurat,
and CellRanger files.
## Summary
### Parse Scanpy, Seurat and CellRanger objects
The checkatlas pipeline start with a fast crawl through your working directory. It detects Seurat (.rds), Scanpy (.h5ad) or cellranger (.h5) atlas files.
### Create checkatlas summary files
Go through all atlas files and produce summary information:
- All basic QC (nRNA, nFeature, ratio_mito)
- General information (nbcells, nbgenes, nblayers)
- All elements in atlas files (obs, obsm, uns, var, varm)
- Reductions (pca, umap, tsne)
- All metrics (clustering, annotation, dimreduction, specificity)
### Parse checkatlas files in MultiQC
Update MultiQC project to add checkatlas parsing. Dev project in: https://github.com/becavin-lab/MultiQC/tree/checkatlas
https://checkatlas.readthedocs.io/en/latest/
## Examples
1. Evaluate and compare different atlases: https://github.com/becavin-lab/checkatlas/blob/3a4f88e94716c09a3b9c86010f570743a5855461/examples/Atlas_comparison.ipynb
https://checkatlas.readthedocs.io/en/stable/CheckAtlas_example_1/CheckAtlas_example_1.html
2. Evaluate different version of your atlas: https://github.com/becavin-lab/checkatlas/blob/3a4f88e94716c09a3b9c86010f570743a5855461/examples/Version_comparison.ipynb
https://checkatlas.readthedocs.io/en/stable/CheckAtlas_example_2/CheckAtlas_example_2.html
3. Explore Scanpy, Seurat and CellRanger objects in your folder: https://github.com/becavin-lab/checkatlas/blob/main/examples/AtlasType_comparison.ipynb
https://checkatlas.readthedocs.io/en/stable/CheckAtlas_example_3/CheckAtlas_example_3.html
## Installation
CheckAtlas can be downloaded from PyPI. However, the project is in an early development phase. We strongly recommend to use the developmental version.
### Install checkatlas development version
```bash
git clone git@github.com:becavin-lab/checkatlas.git
pip install checkatlas/.
```
Install MultiQC with checkatlas file management. This version of MultiQC is available at checkatlas branch of github.com:becavin-lab/MultiQC.
```bash
git clone git@github.com:becavin-lab/MultiQC.git
cd MultiQC/
git checkout checkatlas
pip install .
```
### Install it from PyPI
```bash
pip install checkatlas
```
### Install Seurat
To be able to manage seurat file, rpy2 should have Seurat installed. The easiest way is to put all checkatlas requirements in a conda environment and add r-seurat.
```bash
conda create -n checkatlas python=3.9
pip install checkatlas
conda install -c bioconda r-seurat
```
Or, open R in checkatlas environment (the one where you ran 'pip install') and install Seurat.
```bash
% R
> install.packages('Seurat')
> library(Seurat)
```
## Usage
The one liner way to run checkatlas is the following:
```bash
$ cd your_search_folder/
$ python -m checkatlas .
#or
$ checkatlas .
```
Or run it inside your python workflow.
```py
from checkatlas import checkatlas
checkatlas.run(path, atlas_list, multithread, n_cpus)
```
## Development
Read the [CONTRIBUTING.md](docs/contributing.md) file.
Project developed thanks to the project template : (https://github.com/rochacbruno/python-project-template/)
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.39.1,<0.40.0 | llvmlite |
| >=3.7.0,<4.0.0 | matplotlib |
| >=1.14,<2.0 | multiqc |
| >=22.10.7,<23.0.0 | nextflow |
| >=0.56.4,<0.57.0 | numba |
| >=1.23.5,<2.0.0 | numpy |
| >=3.5.8,<4.0.0 | rpy2 |
| >=1.9.1,<2.0.0 | scanpy |
| >=1.2.1,<2.0.0 | scikit-learn |
| >=6.0.12.6,<7.0.0.0 | types-pyyaml |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.10,<4.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl checkatlas-0.2.2:
pip install checkatlas-0.2.2.whl
نصب پکیج tar.gz checkatlas-0.2.2:
pip install checkatlas-0.2.2.tar.gz