معرفی شرکت ها

chame-0.0.1.dev0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.1.dev0
0.0.1.dev0

توضیحات

Chromatin accessibility module
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل chame-0.0.1.dev0
نام chame
نسخه کتابخانه 0.0.1.dev0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده ['Danila Bredikhin <danila.bredikhin@embl.de>']
نویسنده Danila Bredikhin, Max Frank
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/chame/
مجوز -
<img src="./docs/img/chame_logo.svg" data-canonical-src="./docs/img/chame_logo.svg" width="700"/> `chame` is a Python module to work with genomic ranges and chromatin accessibility. Part of [`scverse`](https://scverse.org/). [Documentation](https://gtca.github.io/chame) | [Examples](https://gtca.github.io/chame/examples/) # Install `chame` ``` pip install git+https://github.com/gtca/chame ``` # Functionality ## I/O 10X Genomics ARC, SnapATAC, ArchR (arrow files). ## Preprocessing and QC TF-IDF / LSI. TSS enrichment, mono-nucleosome occupancy, etc. ## Plotting Joint gene + peak visualisation. --- # Other projects 1. [muon](https://github.com/scverse/muon) 1. [episcanpy](https://github.com/colomemaria/epiScanpy) 1. [SnapATAC2](https://github.com/kaizhang/SnapATAC2) 1. [ArchR](https://www.archrproject.com/) 1. [Signac](https://satijalab.org/signac/)


نیازمندی

مقدار نام
- anndata
- mudata
- scanpy
- pybedtools
- pysam
- sphinx
- myst-parser
- sphinx-book-theme
- readthedocs-sphinx-search
- nbsphinx
- sphinx-automodapi
- sphinxcontrib-bibtex
- sphinx-autodoc-typehints
- pytest
- pytest-cov


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl chame-0.0.1.dev0:

    pip install chame-0.0.1.dev0.whl


نصب پکیج tar.gz chame-0.0.1.dev0:

    pip install chame-0.0.1.dev0.tar.gz