معرفی شرکت ها

cgatshowcase-0.1.9

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.9
0.1.8.2
0.1.8.1
0.1.8
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.2

توضیحات

cgatshowcase : the Computational Genomics Analysis Toolkit example pipeline/workflow
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل cgatshowcase-0.1.9
نام cgatshowcase
نسخه کتابخانه 0.1.9
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Adam Cribbs
ایمیل نویسنده adam.cribbs@imm.ox.ac.uk
آدرس صفحه اصلی https://github.com/cgat-developers/cgat-showcase
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/cgatshowcase/
مجوز MIT
# cgat-showcase cgat-showcase is a repository containing an example pipeline constructed to demonstrate how the [cgat-core](https://github.com/cgat-developers/cgat-core) workflow management system can be used to create common workflows required in bioinformatics analysis. Within this repository is an example [pipeline](https://github.com/cgat-developers/cgat-showcase/blob/master/cgatshowcase/pipeline_transdiffexprs.py) `pipeline_transdiffexprs.py` that performs pseudoalignment of fastq files with [kallisto](https://pachterlab.github.io/kallisto/about.html) and differential expression using [DESeq2](https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html). It can be run locally on your own machine or distributed across a cluster depending on your requirements. Documentation on how to run this pipeline can be found [here](https://cgat-showcase.readthedocs.io/en/latest/) and documentation on how to build your own custom workflow from scratch can be found [here](https://cgat-core.readthedocs.io/en/latest/defining_workflow/Tutorial.html). Installation ------------ The following sections describe how to install the cgat-showcase pipeline. We recommend installing using conda and the steps are described below:: `conda install -c cgat cgatshowcase` Alternatively, the pipeline can be installed using pip:: `pip install cgatshowcase` However, you will require certain software to run the pipeline. More detail on installation can be found on the [Installation](https://cgat-showcase.readthedocs.io/en/latest/getting_started/Installation.html) documentation.


نحوه نصب


نصب پکیج whl cgatshowcase-0.1.9:

    pip install cgatshowcase-0.1.9.whl


نصب پکیج tar.gz cgatshowcase-0.1.9:

    pip install cgatshowcase-0.1.9.tar.gz