معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Chromatogram File Utils

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cfutils-0.0.0.dev58
نام	cfutils
نسخه کتابخانه	0.0.0.dev58
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Ye Chang
ایمیل نویسنده	yech1990@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/yech1990/cfutils
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cfutils/
مجوز	MIT

[![Readthedocs](https://readthedocs.org/projects/cfutils/badge/?version=latest)](https://cfutils.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) [![Build Status](https://img.shields.io/travis/y9c/cfutils.svg)](https://travis-ci.org/y9c/cfutils) [![Pypi Releases](https://img.shields.io/pypi/v/cfutils.svg)](https://pypi.python.org/pypi/cfutils) [![Downloads](https://pepy.tech/badge/cfutils)](https://pepy.tech/project/cfutils) **Chromatogram File Utils** For Sanger sequencing data visualizing, alignment, mutation calling, and trimming etc. ## Demo ![plot chromatogram with mutation](https://raw.githubusercontent.com/y9c/cfutils/master/data/plot.png) > command to generate the demo above ```bash cfutils mut --query ./data/B5-M13R_B07.ab1 --subject ./data/ref.fa --outdir ./data/ --plot ``` ## How to use? - You can have mutation detection and visualization in one step using the command line. ```bash cfutils mut --help ``` - You can also integrate the result matplotlib figures and use it as a python module. An example: ```python import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np from cfutils.parser import parse_abi from cfutils.show import plot_chromatograph seq = parse_abi("./data/B5-M13R_B07.ab1") peaks = seq.annotations["peak positions"][100:131] fig, axes = plt.subplots(2, 1, figsize=(12, 6), sharex=True) plot_chromatograph( seq, region=(100, 130), ax=axes[0], show_bases=True, show_positions=True, color_map=dict(zip("ATGC", ["C0", "C2", "C1", "C4"])), ) axes[1].bar(peaks, np.random.randn(len(peaks)), color="0.66") plt.show() ``` ![plot chromatogram in_matplotlib](https://raw.githubusercontent.com/y9c/cfutils/master/data/matplotlib_example.png) ## How to install? ### form pypi _(use this way ONLY, if you don't know what's going on)_ ```bash pip install --user cfutils ``` ### manipulate the source code - clone from github ```bash git clone git@github.com:y9c/cfutils.git ``` - install the dependence ```bash make init ``` - do unittest ```bash make test ``` ## ChangeLog - Reverse completement the chromatogram file. (Inspired by Snapgene) - build as python package for pypi - fix bug that highlighting wrong base - replace blastn with buildin python aligner ## TODO - [ ] call mutation by alignment and plot Chromatogram graphic - [ ] add a doc - [x] change xaxis by peak location - [ ] fix bug that chromatogram switch pos after trim - [x] wrap as a cli app - [ ] return quality score in output - [ ] fix issue that selected base is not in the middle - [ ] fix plot_chromatograph rendering bug - [ ] add projection feature to make align and assemble possible

نیازمندی

مقدار	نام
>=8.0.0,<9.0.0	Click
>=1.78,<2.0	biopython
>=3.0.0,<4.0.0	matplotlib
>=0.4.1,<0.5.0	ssw

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8,<4.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cfutils-0.0.0.dev58:

pip install cfutils-0.0.0.dev58.whl

نصب پکیج tar.gz cfutils-0.0.0.dev58:

pip install cfutils-0.0.0.dev58.tar.gz