معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python package for fragment manipulation for cfDNA

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cfdna-1.0.3
نام	cfdna
نسخه کتابخانه	1.0.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Kyle S. Smith
ایمیل نویسنده	kyle.smith@stjude.org
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/kylessmtih/cfdna
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cfdna/
مجوز	GPL2

# Cell-free DNA analysis toolkit [![Build Status](https://travis-ci.org/kylessmith/cfdna.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/kylessmith/cfdna) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/cfdna.svg)](https://badge.fury.io/py/cfdna) This is a Python package for easy and efficient cell-free DNA analysis. All citations should reference to [original paper][paper]. ## Install If you dont already have numpy and scipy installed, it is best to download `Anaconda`, a python distribution that has them included. ``` https://continuum.io/downloads ``` Dependencies can be installed by: ``` pip install -r requirements.txt ``` PyPI install, presuming you have all its requirements installed: ``` pip install cfdna ``` ## Usage ```python import cfdna as cf import numpy as np # Create data cfdata = cf.cfDNA() frags = cf.io.readBAM("test.bam") # Call CNVs cf.proc.call_cnv_pipline(cfdata, frags) # Plot CNVs cf.pl.plot_cnv(cfdata, "test.bam") ``` Run from the commadline: ``` python -m cfdna callCNVs --bam test.bam --segs ``` This will output a .png plot and seg file. [paper]: https://www.cell.com/cancer-cell/pdfExtended/S1535-6108(21)00501-8

نحوه نصب

نصب پکیج whl cfdna-1.0.3:

pip install cfdna-1.0.3.whl

نصب پکیج tar.gz cfdna-1.0.3:

pip install cfdna-1.0.3.tar.gz