معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Fast generation of a core genome among bacterial strains

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	centreseq-0.3.0
نام	centreseq
نسخه کتابخانه	0.3.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	['Forest Dussault', 'Adrian Verster', 'Nicholas Petronella']
ایمیل نویسنده	forest.dussault@canada.ca
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/bfssi-forest-dussault/centreseq
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/centreseq/
مجوز	-

[![install with bioconda](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](http://bioconda.github.io/recipes/centreseq/README.html) ### Installation 1. Create a new conda environment (*optional, but strongly recommended*) ``` conda env create -n centreseq python=3.6 conda activate centreseq ``` 2. Install via bioconda ``` conda install -c bioconda centreseq ``` ### Usage ``` Usage: centreseq [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... centreseq builds an annotated core genome using assemblies as input. Options: --version Print the version and exit. --citation Print the citation for this software and exit. --help Show this message and exit. Commands: core Given an input directory containing assemblies, establishes a core genome tree Produces output for phylogenetic tree software ``` ### Issues The conda distribution might have an issue installing the correct version of `minced`, a Prokka dependency, so you might need to run the following command within your conda environment after installing centreseq: `conda install minced` ### External Dependencies These programs will be automatically installed with the conda package. - [Prokka](https://github.com/tseemann/prokka) - [MMseqs2](https://github.com/soedinglab/MMseqs2) - [SeqKit](https://github.com/shenwei356/seqkit) - [MUSCLE](https://www.drive5.com/muscle/) - [SNP-sites](https://github.com/sanger-pathogens/snp-sites) - [cyvcf2](https://github.com/brentp/cyvcf2)

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
~=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl centreseq-0.3.0:

pip install centreseq-0.3.0.whl

نصب پکیج tar.gz centreseq-0.3.0:

pip install centreseq-0.3.0.tar.gz