معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Learn single-cell data structure through topological bases, graphs and layouts

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	celltometry-0.0.1
نام	celltometry
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Davi Sidarta-Oliveira
ایمیل نویسنده	davisidarta@fcm.unicamp.br
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/davisidarta/celltometry
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/celltometry/
مجوز	-

[![Latest PyPI version](https://img.shields.io/pypi/v/celltometry.svg)](https://pypi.org/project/celltometry/) [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](https://opensource.org/licenses/MIT) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/topometry/badge/?version=latest)](https://topometry.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) [![Twitter](https://img.shields.io/twitter/url/https/twitter.com/DaviSidarta.svg?style=social&label=Follow%20%40davisidarta)](https://twitter.com/davisidarta) # CellTOMetry: single-Cell Topologically Optimized Geometry CellTOMetry is a python library to orchestrate topological single-cell data analysis. It is centered around [TopOMetry](https://github.com/davisidarta/topometry) and [scanpy](https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/index.html). ## Installation and dependencies CellTOMetry requires [scanpy](https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/index.html) and [TopOMetry](https://github.com/davisidarta/topometry). After installing both, install celltometry with: ``` pip3 install celltometry ``` ## Using CellTOMetry with scanpy This is a quick-start. For further instructions, check [TopOMetry documentation](https://topometry.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html). First, we load libraries and some data to work with: ``` import scanpy as sc import topo as tp import celltometry as ct # Load the PBMC3k dataset adata = sc.datasets.pbmc3k() ``` Next, we perform the default preprocessing workflow with scanpy: libraries are size-normalized, log-transformed for variance stabilization, and subset to highly variable genes. ``` # Normalize and find highly variable genes adata = ct.preprocess(adata) ``` Then, we proceed to the default scanpy workflow. It corresponds to: * Scaling data (optional, changes adata.X) - `` * Performing PCA * Learning a neighborhood graph * Learn an UMAP projection with this graph * Cluster this graph with the Leiden community detection algorithm Similar to preprocessing, we wrap it with an one-liner: ``` adata = ct.default_workflow(adata, scale=True) ``` To run the topological workflow, create a [TopOGraph](https://topometry.readthedocs.io/en/latest/topograph.html#topograph) object `tg` and use it to learn and add information to `AnnData`: ``` adata = ct.topological_workflow(adata, tg) ``` For further instructions, please check [TopOMetry documentation](https://topometry.readthedocs.io/en/latest/index.html).

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl celltometry-0.0.1:

pip install celltometry-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz celltometry-0.0.1:

pip install celltometry-0.0.1.tar.gz