معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

in silico gene perturbation analysis and GRN analysis with single cell data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	celloracle-0.12.1
نام	celloracle
نسخه کتابخانه	0.12.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Kenji Kamimoto
ایمیل نویسنده	kamimoto@wustl.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/morris-lab/CellOracle
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/celloracle/
مجوز	Apache License Version 2.0

CellOracle ========== |GitHub Workflow Status| |PyPI| |PyPI - Python Version| |PyPI - Wheel| |Downloads| |Docker Pulls| CellOracle is a python library for in silico gene perturbation analyses using single-cell omics data and Gene Regulatory Network models. For more information, please read our paper: `Dissecting cell identity via network inference and in silico gene perturbation <https://www.nature.com/articles/s41586-022-05688-9>`__. Documentation, Codes, and Tutorials ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CellOracle documentation is available through the link below. `Web documentation <https://morris-lab.github.io/CellOracle.documentation/>`__ Questions and errors ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ If you have a question, error, bug, or problem, please use the `Github issue page <https://github.com/morris-lab/CellOracle/issues>`__. Supported Species and reference genomes ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ - Human: [‘hg38’, ‘hg19’] - Mouse: [‘mm39’, ‘mm10’, ‘mm9’] - S.cerevisiae: [“sacCer2”, “sacCer3”] - Zebrafish: [“danRer7”, “danRer10”, “danRer11”] - Xenopus tropicalis: [“xenTro2”, “xenTro3”] - Xenopus laevis: [“Xenopus_laevis_v10.1”] - Rat: [“rn4”, “rn5”, “rn6”] - Drosophila: [“dm3”, “dm6”] - C.elegans: [“ce6”, “ce10”] - Arabidopsis: [“TAIR10”] - Chicken: [“galGal4”, “galGal5”, “galGal6”] - Guinea Pig: [“Cavpor3.0”] - Pig: [“Sscrofa11.1”] Changelog ~~~~~~~~~ Please go to `this page <https://morris-lab.github.io/CellOracle.documentation/changelog/index.html>`__. .. |GitHub Workflow Status| image:: https://img.shields.io/github/actions/workflow/status/morris-lab/CellOracle/build_check.yml?branch=master :target: https://github.com/morris-lab/CellOracle/actions/workflows/build_check.yml .. |PyPI| image:: https://img.shields.io/pypi/v/celloracle?color=blue :target: https://pypi.org/project/celloracle/ .. |PyPI - Python Version| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/celloracle :target: https://pypi.org/project/celloracle/ .. |PyPI - Wheel| image:: https://img.shields.io/pypi/wheel/celloracle :target: https://pypi.org/project/celloracle/ .. |Downloads| image:: https://static.pepy.tech/personalized-badge/celloracle?period=total&units=international_system&left_color=grey&right_color=orange&left_text=Downloads :target: https://pepy.tech/project/celloracle .. |Docker Pulls| image:: https://img.shields.io/docker/pulls/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu?color=red :target: https://hub.docker.com/r/kenjikamimoto126/celloracle_ubuntu

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy
-	scipy
-	cython
>=0.50.1	numba
<3.7	matplotlib
-	seaborn
-	scikit-learn
>=3.1.0	h5py
<=1.5.3,>=1.0.3	pandas
>=0.17	velocyto
-	umap-learn
>=0.17	pyarrow
>=4.45	tqdm
>=0.10.1	igraph
-	louvain
-	jupyter
>=0.7.5	anndata
>=1.6	scanpy
-	joblib
-	goatools
>=0.8.4	genomepy
<=0.17.1,>=0.14.4	gimmemotifs

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl celloracle-0.12.1:

pip install celloracle-0.12.1.whl

نصب پکیج tar.gz celloracle-0.12.1:

pip install celloracle-0.12.1.tar.gz