معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Study RNA velocity through neural network.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	celldancer-1.1.7
نام	celldancer
نسخه کتابخانه	1.1.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Wang Lab
ایمیل نویسنده	gwang2@houstonmethodist.org
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/celldancer/
مجوز	-

cellDancer - Estimating Cell-dependent RNA Velocity =========================================================================================== **cellDancer** is a modularized, parallelized, and scalable tool based on a deep learning framework for the RNA velocity analysis of scRNA-seq. Our website of tutorials is available at `cellDancer Website <https://guangyuwanglab2021.github.io/cellDancer_website/>`_. cellDancer's key applications ======================================================== * Estimate cell-specific RNA velocity for each gene. * Derive cell fates in embedding space. * Estimate pseudotime for each cell in embedding space. What's new ======================================================== cellDancer is updated to v1.1.7 * Added progress bar for adata_to_df_with_embed() and adata_to_raw(). * Added try except to catch genes with low quality in velocity(). Installation ======================================================== cellDancer requires Python version >= 3.7.6 to run. To run cellDancer locally, create an `conda <https://docs.conda.io/en/latest>`_ or `Anaconda <https://www.anaconda.com/>`_ environment as ``conda create -n cellDancer python==3.7.6``, and activate the new environment with ``conda activate cellDancer``. cellDancer could be installed with ``pip install celldancer``. To install cellDancer from source code, run: ``pip install 'your_path/Source Code/cellDancer'``. For M1 Mac users if you encountered a problem while installing bezier. Please refer to the following link: https://bezier.readthedocs.io/en/2021.2.12/#installing If any other dependency could not be installed with ``pip install celldancer``, try ``pip install --no-deps celldancer``. Then install the dependencies by ``pip install -r requirements.txt``.

نیازمندی

مقدار	نام
==1.5.2	pytorch-lightning
==1.10.0	torch
==1.3.4	pandas
==1.20.3	numpy
==0.8.0	anndata
==4.62.3	tqdm
==1.0.1	scikit-learn
==1.7.2	scipy
==1.1.0	joblib
==0.19.2	scikit-image
==0.13.1	statsmodels
==3.5.3	matplotlib
==0.11.2	seaborn
==0.14.0	datashader
==2021.2.12	bezier
==0.5.2	umap-learn
-	jupyterlab
==59.5.0	setuptools
==6.3.2	setuptools-scm

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl celldancer-1.1.7:

pip install celldancer-1.1.7.whl

نصب پکیج tar.gz celldancer-1.1.7:

pip install celldancer-1.1.7.tar.gz