معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A software package for eliminating technical artifacts from high-throughput single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cellbender-0.2.1
نام	cellbender
نسخه کتابخانه	0.2.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Stephen Fleming, Mehrtash Babadi
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	http://github.com/broadinstitute/CellBender
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cellbender/
مجوز	BSD (3-Clause)

CellBender ========== .. image:: https://readthedocs.org/projects/cellbender/badge/?version=latest :target: https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status .. image:: https://github.com/broadinstitute/CellBender/blob/master/docs/source/_static/design/logo_250_185.png :alt: CellBender Logo CellBender is a software package for eliminating technical artifacts from high-throughput single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data. The current release contains the following modules. More modules will be added in the future: * ``remove-background``: This module removes counts due to ambient RNA molecules and random barcode swapping from (raw) UMI-based scRNA-seq count matrices. At the moment, only the count matrices produced by the CellRanger ``count`` pipeline is supported. Support for additional tools and protocols will be added in the future. A quick start tutorial can be found `here <https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/getting_started/remove_background/index.html>`_. Please refer to the `documentation <https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/>`_ for a quick start tutorial on using CellBender. Installation and Usage ---------------------- Manual installation ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ The recommended installation is as follows. Create a conda environment and activate it: .. code-block:: bash $ conda create -n cellbender python=3.7 $ source activate cellbender Install the `pytables <https://www.pytables.org>`_ module: .. code-block:: bash (cellbender) $ conda install -c anaconda pytables Install `pytorch <https://pytorch.org>`_ (shown below for CPU; if you have a CUDA-ready GPU, please skip this part and follow `these <https://pytorch.org/get-started/locally/>`_ instructions instead): .. code-block:: bash (cellbender) $ conda install pytorch torchvision -c pytorch Clone this repository and install CellBender: .. code-block:: bash (cellbender) $ pip install -e CellBender Using The Official Docker Image ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ A GPU-enabled docker image is available from the Google Container Registry (GCR) as: ``us.gcr.io/broad-dsde-methods/cellbender:latest`` Terra Users ~~~~~~~~~~~ For `Terra <https://app.terra.bio>`_ users, a `workflow <https://portal.firecloud.org/#methods/cellbender/remove-background/>`_ is available as: ``cellbender/remove-background`` Citing CellBender ----------------- If you use CellBender in your research (and we hope you will), please consider citing `our paper on bioRxiv <https://doi.org/10.1101/791699>`_. Stephen J Fleming, John C Marioni, and Mehrtash Babadi. CellBender remove-background: a deep generative model for unsupervised removal of background noise from scRNA-seq datasets. bioRxiv 791699; doi: `https://doi.org/10.1101/791699 <https://doi.org/10.1101/791699>`_

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.7	anndata
-	numpy
-	scipy
-	tables
-	pandas
>=0.3.2	pyro-ppl
-	scikit-learn
-	matplotlib

نحوه نصب

نصب پکیج whl cellbender-0.2.1:

pip install cellbender-0.2.1.whl

نصب پکیج tar.gz cellbender-0.2.1:

pip install cellbender-0.2.1.tar.gz