معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

CLI Tools for Cell Locator

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cell-locator-cli-0.1.0
نام	cell-locator-cli
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	David Allemang <david.allemang@kitware.com>, Jean-Christophe Fillion-Robin <jcfr@kitware.com>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cell-locator-cli/
مجوز	Slicer License

# Cell Locator CLI Tools Provides some utility CLI tools for dealing with Cell Locator annotation files. - cl-export enables converting an annotation file to VTK model or binary labelmap. - cl-convert enables upgrading annotation files for compatibility with different versions of Cell Locator. # Quick Start ## Installation ```bash $ pip install cell-locator-cli ``` ## Sample Usage Update an old annotation file ```bash $ cl-convert convert -v'?' -t v0.2 older.json newer.json Inferred version 'v0.0.0+2020.08.26' $ cl-convert infer newer.json v0.2.1+2022.03.04 ``` Export a CCF annotation to labelmap and model ```bash $ cl-export \ ccf-annotation.json \ -m ccf-annotation.vtk \ -l ccf-annotation.label.nrrd \ -a ccf_annotation_25_contiguous.nrrd \ --pir $ f3d ccf-annotation.vtk $ f3d -v ccf-annotation.label.nrrd ``` Export a MNI annotation to labelmap and model ```bash $ cl-export \ mni-annotation.json \ -m mni-annotation.vtk \ -l mni-annotation.label.nrrd \ -a mni_annotation_contiguous.nrrd $ f3d mni-annotation.vtk $ f3d -v mni-annotation.label.nrrd ``` # CLI Documentation ## cl-export ```text usage: cl-export [-h] [-m MODEL_PATH] [-l LABELMAP_PATH] [-a ATLAS_PATH] [--pir] annotation Export Cell Locator annotations to VTK model or labelmap. positional arguments: annotation Input Cell Locator annotation file (JSON). options: -h, --help show this help message and exit -m MODEL_PATH, --model MODEL_PATH Output path for annotation model. If not provided, model generation is skipped. -l LABELMAP_PATH, --labelmap LABELMAP_PATH Output path for annotation labelmap. If not provided, labelmap generation is skipped. Requires --atlas for spacing information. -a ATLAS_PATH, --atlas ATLAS_PATH Atlas volume or labelmap. Used to set spacing/direction on the output labelmap. --pir If set, read the annotation in PIR format rather than RAS. This should only be necessary for old-style CCF annotations. ``` ### Future Work - Add option for different strategies regarding merged/separated model files, or use a multi-valued segmentation format rather than binary labelmap. ## cl-convert ```text usage: cl-convert convert [-h] -v VERSION [-t TARGET] [--no-indent] src dst positional arguments: src Source JSON file. Use '-' to read from stdin. dst Destination JSON file. Use '-' to write to stdout. options: -h, --help show this help message and exit -v VERSION, --version VERSION Source file version. Use '-v?' to infer the version. -t TARGET, --target TARGET Target file version. Defaults to the latest version. --no-indent Do not indent output JSON. ``` ```text usage: cl-convert versions [-h] [target] positional arguments: target Show versions matching this target. If empty, show all versions. options: -h, --help show this help message and exit ``` ```text usage: cl-convert infer [-h] src positional arguments: src Source JSON file. Use '-' to read from stdin. options: -h, --help show this help message and exit ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	vtk-addon
-	SimpleITK

نحوه نصب

نصب پکیج whl cell-locator-cli-0.1.0:

pip install cell-locator-cli-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz cell-locator-cli-0.1.0:

pip install cell-locator-cli-0.1.0.tar.gz