معرفی شرکت ها

cdhit-reader-0.1.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.0
0.0.6
0.0.5
0.0.4
0.1.0
0.0.6
0.0.5
0.0.4

توضیحات

CD-HIT cluster parser
ویژگی مقدار
سیستم عامل OS Independent
نام فایل cdhit-reader-0.1.0
نام cdhit-reader
نسخه کتابخانه 0.1.0
نگهدارنده ['Andrea Telatin']
ایمیل نگهدارنده ['andrea.telatin@gmail.com']
نویسنده Andrea Telatin
ایمیل نویسنده andrea.telatin@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/telatin/cdhit-parser
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/cdhit-reader/
مجوز MIT
# cdhit-parser [![Python package](https://github.com/telatin/cdhit-parser/actions/workflows/python-package.yml/badge.svg)](https://github.com/telatin/cdhit-parser/actions/workflows/python-package.yml) [![Conda downloads](https://img.shields.io/conda/dn/bioconda/cdhit-reader)](https://anaconda.org/bioconda/cdhit-reader) CD-HIT file reader. ## Read CD-HIT .clstr file Basic usage ```python input = "cluster.fa.clstr" for cluster in read_cdhit(input): print(f"{cluster.name} refSequence={cluster.refname} size={len(cluster)}") for member in cluster.sequences: print(f" {member.name} ({member.length}) identity={member.identity}% {'(Reference sequence)' if member.is_ref else ''}") ``` Load all clusters in to a list: ```python # Load all clusters to a list clusters = read_cdhit(input).read_items() ``` ## Read FASTA file ```python if os.path.exists(fileName): for seq in cdhit_reader.read_fasta(fileName, line_len=60): print(seq) # will be wrapped at 60 chars per line, use 0 to disable wrapping # to access individual attributes: # print(">" + seq.name + " " + seq.comment + "\n" + seq.sequence) ``` ## Install ```bash pip install cdhit-reader ``` or via [Miniconda](https://telatin.github.io/microbiome-bioinformatics/Install-Miniconda/), which will also install cd-hit ```bash conda install -c bioconda -c conda-forge cdhit-reader ``` ## Demo applications ### Cluster stats The module ships a demo program called `cdhit-reader.py`. ![`cdhit-parser -h`](docs/chdit.svg) ### Compare two fasta files :warning: This requires cd-hit installed and available in the system path. `cdhit-compare` allows to compare two fasta files and print the sequences that are in common, those which are only present in one of the files or those which are redundant. ![`cdhit-compare --help`](docs/compare.svg) Example: ```bash cdhit-compare data/input1.faa data/input2.faa --id 0.99 ``` will produce: ```text input1 BJJOHBJ_00007 input2 BJJOHBJ_00007 input2 BJJOHBJ_00002 both BJJOHBJ_00003:BJJOHBJ_00003 both BJJOHBJ_00005:BJJOHBJ_00005 both BJJOHBJ_00004:BJJOHBJ_00004 multi input1#IBJJOHBJ_00006,input1#BBJJOHBJ_000B6,input1#CBJJOHBJ_000C6,input2#IBJJOHBJ_00006,input2#BBJJOHBJ_000B6,input2#CBJJOHBJ_000C6 dupl_input1 BJJOHBJ_00001:BJJOHBJ_000F ``` where records starting with _file1_ or _file2_ are only present in one of the files, records starting with _both_ are present in both files (one per file), records starting with _dupl_ are duplicates (two in one of the files), and records starting with _multi_ are present multiple times in at least one of the datasets. ## Author * [Andrea Telatin](https://github.com/telatin) ## License This project is licensed under the MIT License. ## Acknowledgments This module was based on [fasta_reader](https://github.com/EBI-Metagenomics/fasta-reader-py) by [Danilo Horta](https://github.com/horta)


نیازمندی

مقدار نام
>=7.1.2 click
>=1.4.0 importlib-resources
>=8.4.0 more-itertools
>=5.4.3 pytest
>=1.0.1 xopen
- plotille


نحوه نصب


نصب پکیج whl cdhit-reader-0.1.0:

    pip install cdhit-reader-0.1.0.whl


نصب پکیج tar.gz cdhit-reader-0.1.0:

    pip install cdhit-reader-0.1.0.tar.gz