معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python utilities for CDAPS

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cdapsutil-0.2.0a1
نام	cdapsutil
نسخه کتابخانه	0.2.0a1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Christopher Churas
ایمیل نویسنده	churas.camera@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/idekerlab/cdapsutil
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cdapsutil/
مجوز	BSD license

=============================== CDAPS Python Utilities =============================== .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/cdapsutil.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/cdapsutil .. image:: https://travis-ci.com/idekerlab/cdapsutil.svg?branch=master :target: https://travis-ci.com/idekerlab/cdapsutil .. image:: https://coveralls.io/repos/github/idekerlab/cdapsutil/badge.svg?branch=master :target: https://coveralls.io/github/idekerlab/cdapsutil?branch=master .. image:: https://readthedocs.org/projects/cdapsutil/badge/?version=latest :target: https://cdapsutil.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status Library that enables invocation of `Community Detection APplication and Service <https://cdaps.readthedocs.io/>`_ algorithms via Python .. warning:: cdapsutil is experimental and may contain errors and interfaces may change Dependencies ------------- * `ndex2 <https://pypi.org/project/ndex2>`_ * `requests <https://pypi.org/project/requests>`_ * `tqdm <https://pypi.org/project/tqdm>`_ Compatibility --------------- * Python 3.4+ Installation --------------- .. code-block:: console pip install cdapsutil or directly via: .. code-block:: git clone https://github.com/idekerlab/cdapsutil cd cdapsutil python setup.py install Usage ------- Run Community Detection .. code-block:: import json import cdapsutil import ndex2 # Download BioGRID: Protein-Protein Interactions (SARS-CoV) from NDEx client = ndex2.client.Ndex2() client_resp = client.get_network_as_cx_stream('669f30a3-cee6-11ea-aaef-0ac135e8bacf') net_cx = ndex2.create_nice_cx_from_raw_cx(json.loads(client_resp.content)) # Create CommunityDetection object cd = cdapsutil.CommunityDetection() # Run HiDeF on CDAPS REST service hier_net = cd.run_community_detection(net_cx, algorithm='hidef') Run Functional Enrichment Coming soon... Cite CDAPS ----------- If you find this utility and service useful, please cite: Singhal A, Cao S, Churas C, Pratt D, Fortunato S, Zheng F, et al. (2020) Multiscale community detection in Cytoscape. PLoS Comput Biol 16(10): e1008239. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008239 Credits --------- This package was created with Cookiecutter_ and the `audreyr/cookiecutter-pypackage`_ project template. .. _Cookiecutter: https://github.com/audreyr/cookiecutter .. _`audreyr/cookiecutter-pypackage`: https://github.com/audreyr/cookiecutter-pypackage ======= History ======= 0.2.0 (2022-10-04) ---------------------- * Fixed bug where not setting a name on a network would cause ``CommunityDetection.run_community_detection()`` to raise a ``TypeError``. When encountered code now sets network name to **unknown** `Issue #1 <https://github.com/idekerlab/cdapsutil/issues/1>`__ 0.2.0a1 (2021-03-30) ---------------------- * First release on PyPI.

نیازمندی

مقدار	نام
-	tqdm
-	ndex2
-	requests

نحوه نصب

نصب پکیج whl cdapsutil-0.2.0a1:

pip install cdapsutil-0.2.0a1.whl

نصب پکیج tar.gz cdapsutil-0.2.0a1:

pip install cdapsutil-0.2.0a1.tar.gz