معرفی شرکت ها
cazy-parser-2.0.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A way to extract specific information from CAZy
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | cazy-parser-2.0.2 |
| نام | cazy-parser |
| نسخه کتابخانه | 2.0.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Rodrigo V. Honorato |
| ایمیل نویسنده | r.vargashonorato@uu.nl |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/cazy-parser/ |
| مجوز | GPLv3 |
# cazy-parser
_A way to extract specific information from the Carbohydrate-Active enZYmes._
[](https://pepy.tech/project/cazy-parser)
[](http://joss.theoj.org/papers/f709afe5d720fc6eee82fca277942a46)
[](https://github.com/rvhonorato/cazy-parser/actions/workflows/unittests.yml)
[](https://www.codacy.com/gh/rvhonorato/cazy-parser/dashboard?utm_source=github.com&utm_medium=referral&utm_content=rvhonorato/cazy-parser&utm_campaign=Badge_Grade)
[](https://www.codacy.com/gh/rvhonorato/cazy-parser/dashboard?utm_source=github.com&utm_medium=referral&utm_content=rvhonorato/cazy-parser&utm_campaign=Badge_Coverage)
Make sure to visit and cite the CAZy website!
- http://www.cazy.org/
- Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (2014) The Carbohydrate-active enzymes database (CAZy) in 2013. **Nucleic Acids Res** 42:D490–D495. [PMID: [24270786](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=24270786)].
License: [GNU GPLv3](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html)
[RV Honorato. CAZy-parser a way to extract information from the Carbohydrate-Active enZYmes Database. _The Journal of Open Source Software_, 1(8), dec 2016.](https://github.com/openjournals/joss-papers/blob/master/joss.00053/10.21105.joss.00053.pdf)
doi: 10.21105/joss.00053
## Introduction
_cazy-parser_ is a tool that extract information from [CAZy](http://www.cazy.org/) in a more usable and readable format. Firstly, a script reads the HTML structure and creates a mirror of the database as a tab delimited file. Secondly, information is extracted from the database according to user inputted parameters and presented to the user as a set of accession codes.
## Install / Upgrade
```text
pip install --upgrade cazy-parser
```
## Usage (internet connection required)
```text
cazy-parser -h
usage: cazy-parser [-h] [-f FAMILY] [-s SUBFAMILY] [-c CHARACTERIZED] [-v] {GH,GT,PL,CA,AA}
positional arguments:
{GH,GT,PL,CA,AA}
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-f FAMILY, --family FAMILY
-s SUBFAMILY, --subfamily SUBFAMILY
-c CHARACTERIZED, --characterized CHARACTERIZED
-v, --version show version
```
### Example
Extract all fasta sequences from family 43 of Glycoside Hydrolase subfamily 1
```text
$ cazy-parser GH -f 43 -s 1
[2022-05-26 16:39:21,511 91 INFO] ------------------------------------------
[2022-05-26 16:39:21,511 92 INFO]
[2022-05-26 16:39:21,511 93 INFO] ┌─┐┌─┐┌─┐┬ ┬ ┌─┐┌─┐┬─┐┌─┐┌─┐┬─┐
[2022-05-26 16:39:21,511 94 INFO] │ ├─┤┌─┘└┬┘───├─┘├─┤├┬┘└─┐├┤ ├┬┘
[2022-05-26 16:39:21,511 95 INFO] └─┘┴ ┴└─┘ ┴ ┴ ┴ ┴┴└─└─┘└─┘┴└─ v2.0.1
[2022-05-26 16:39:21,511 96 INFO]
[2022-05-26 16:39:21,511 97 INFO] ------------------------------------------
[2022-05-26 16:39:21,511 183 INFO] Fetching links for Glycoside-Hydrolases, url: http://www.cazy.org/Glycoside-Hydrolases.html
[2022-05-26 16:39:22,454 189 INFO] Only using links of family 43 subfamily 1
[2022-05-26 16:39:23,029 26 INFO] Dowloading 1415 fasta sequences...
[2022-05-26 16:40:32,187 51 INFO] Dumping fasta sequences to file GH43_1_26052022.fasta
```
This will generate the following file `GH43_1_DDMMYYY.fasta` containing the fasta sequences.
## To-do and how to contribute
Please refer to [CONTRIBUTING](CONTRIBUTING.md) 🤓
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=4.11.1,<5.0.0 | beautifulsoup4 |
| >=2.27.1,<3.0.0 | requests |
| >=1.81,<2.0 | biopython |
| >=4.2.0,<5.0.0 | progressbar2 |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.9,<4.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl cazy-parser-2.0.2:
pip install cazy-parser-2.0.2.whl
نصب پکیج tar.gz cazy-parser-2.0.2:
pip install cazy-parser-2.0.2.tar.gz