معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Cluster Alignment Tool

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	cat-python-1.0
نام	cat-python
نسخه کتابخانه	1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Alex Valentin Nielsen, Martin Proks, Ala Trusina
ایمیل نویسنده	alexander.nielsen@nbi.ku.dk
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/brickmanlab/CAT
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/cat-python/
مجوز	MIT

# Cluster Alignment Tool (CAT) ## Install with pip ```bash pip install cat-python ``` ## Install from source ```bash git clone https://github.com/brickmanlab/CAT.git && cd CAT conda create --name cat python=3.7 pip install -e . ``` ## How to run ```bash $ catcli \ --ds1 ds1.h5ad \ --ds1_name DS1 \ --ds1_cluster seurat_clusters \ --ds2 ds2.h5ad \ --ds2_name DS2 \ --ds2_cluster seurat_clusters \ --output ./results/ds1-vs-ds2 # generate sankey plot $ Rscript ./CAT/scripts/sankey.R \ --excel ./results/ds1-vs-ds2/ds1_ds2_euclidean.xlsx \ --output ./results/ds1-vs-ds2/ ``` ## Help ```bash $ conda activate cat $ catcli --help usage: catcli [-h] [--ds1 DS1] [--ds1_name DS1_NAME] [--ds1_cluster DS1_CLUSTER] [--ds1_genes DS1_GENES] [--ds2 DS2] [--ds2_name DS2_NAME] [--ds2_cluster DS2_CLUSTER] [--ds2_genes DS2_GENES] [--features FEATURES] [--output OUTPUT] [--distance DISTANCE] [--sigma SIGMA] [--n_iter N_ITER] [--format {excel,html}] [--verbose] [--version] Cluster Alignment Tool (CAT) optional arguments: -h, --help show this help message and exit --ds1 DS1 Processed dataset (h5/h5ad) --ds1_name DS1_NAME Dataset name --ds1_cluster DS1_CLUSTER Column name for comparison --ds1_genes DS1_GENES Gene column, using `index` as default --ds2 DS2 Processed dataset (h5/h5ad) --ds2_name DS2_NAME Dataset name --ds2_cluster DS2_CLUSTER Column name for comparison --ds2_genes DS2_GENES Gene column, using `index` as default --features FEATURES File containing list of genes on new lines --output OUTPUT Output location --distance DISTANCE Distance measurement --sigma SIGMA Sigma cutoff (1.6 => p-value: 0.05) --n_iter N_ITER Number of bootstraps, default 1,000 --format {excel,html} Report output format --verbose Verbose mode --version show program's version number and exit ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	anndata
-	Jinja2
-	matplotlib
-	numpy
-	pandas
>=1.5.1	scanpy
-	scikit-learn
-	scipy
-	statsmodels
-	tqdm
-	xlrd
-	XlsxWriter

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7.*	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl cat-python-1.0:

pip install cat-python-1.0.whl

نصب پکیج tar.gz cat-python-1.0:

pip install cat-python-1.0.tar.gz