معرفی شرکت ها
casq-1.1.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
CaSQ: Celldesigner as Sbml-Qual
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | casq-1.1.5 |
| نام | casq |
| نسخه کتابخانه | 1.1.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | - |
| ایمیل نویسنده | Sylvain Soliman <Sylvain.Soliman@inria.fr> |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/casq/ |
| مجوز | - |
.. code::
______ _____ ____
/ ____/___ _/ ___// __ \
/ / / __ `/\__ \/ / / /
/ /___/ /_/ /___/ / /_/ /
\____/\__,_//____/\___\_\
|pipeline status| |coverage report| |black| |rtd| |gpl|
|pypi-version| |pypi-python| |pypi-wheel| |pypi-downloads| |deps|
.. |pipeline status| image:: https://gitlab.inria.fr/soliman/casq/badges/master/pipeline.svg
:target: https://gitlab.inria.fr/soliman/casq/commits/master
:alt: pipeline status
.. |coverage report| image:: https://gitlab.inria.fr/soliman/casq/badges/master/coverage.svg
:target: https://gitlab.inria.fr/soliman/casq/commits/master
:alt: coverage report
.. |black| image:: https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg
:target: https://github.com/python/black
:alt: Code style: black
.. |rtd| image:: https://readthedocs.org/projects/casq/badge/?version=latest
:target: https://casq.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest
:alt: Documentation Status
.. |gpl| image:: https://img.shields.io/pypi/l/casq
:target: https://gitlab.inria.fr/soliman/casq/raw/master/LICENSE
:alt: PyPI - License
.. |pypi-version| image:: https://img.shields.io/pypi/v/casq
:target: https://pypi.org/project/casq/
:alt: PyPI
.. |pypi-python| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/casq
:alt: PyPI - Python Version
:target: https://pypi.org/project/casq/
.. |pypi-wheel| image:: https://img.shields.io/pypi/wheel/casq
:target: https://pypi.org/project/casq/
:alt: PyPI - Wheel
.. |pypi-downloads| image:: https://img.shields.io/pypi/dm/casq
:target: https://pypi.org/project/casq/
:alt: PyPI - Downloads
.. |deps| image:: https://img.shields.io/librariesio/release/pypi/casq
:target: https://pypi.org/project/casq/
:alt: Libraries.io dependency status for latest release
**CaSQ** converts `CellDesigner`_ models to Boolean models encoded in
`SBML-Qual`_ with a rather strict semantics defined in a
`published article`_.
.. _`CellDesigner`: http://celldesigner.org
.. _`SBML-Qual`: http://sbml.org
.. _`published article`: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/36/16/4473/5836892
Install
=======
CaSQ is provided as a Python3 package, you can install it from the `Python package index`_ with ``pip``, ``conda`` or your Python package manager of choice:
.. _`Python package index`: https://pypi.org/project/casq/
.. code:: bash
$ python3 -m pip install casq
Command-line usage
==================
Just follow the instructions::
$ casq --help
usage: casq [-h] [-v] [-D] [-c] [-s] [-r S] [-u [UPSTREAM ...]]
[-d [DOWNSTREAM ...]] [-b] [-g GRANULARITY] [-i INPUT] [-C]
[infile] [outfile]
Convert CellDesigner models to SBML-qual with a rather strict semantics.
Copyright (C) 2019-2022 Sylvain.Soliman@inria.fr GPLv3
positional arguments:
infile CellDesigner File
outfile SBML-Qual/BMA json File
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program's version number and exit
-D, --debug Display a lot of debug information
-c, --csv Store the species information in a separate CSV file
-s, --sif Store the influence information in a separate SIF file
-r S, --remove S Delete connected components in the resulting model if
their size is smaller than S. A negative S leads to
keep only the biggest(s) connected component(s)
-u [UPSTREAM ...], --upstream [UPSTREAM ...]
Only species upstream of this/these species will be
kept
-d [DOWNSTREAM ...], --downstream [DOWNSTREAM ...]
Only species downstream of this/these species will be
kept
-b, --bma Output to BMA json format
-g GRANULARITY, --granularity GRANULARITY
When exporting to BMA, use this granularity
-i INPUT, --input INPUT
When exporting to BMA, nodes with no input should be
set to this value
-C, --colourConstant When exporting to BMA, colour all variables pink
(defaults to colour by compartment)
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | loguru>=0.2.5 |
| - | networkx>=2.2 |
| xtr | black; |
| xtr | flake8-mypy; |
| xtr | sphinx; |
| xtr | sphinxcontrib-programoutput; |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl casq-1.1.5:
pip install casq-1.1.5.whl
نصب پکیج tar.gz casq-1.1.5:
pip install casq-1.1.5.tar.gz