معرفی شرکت ها


capture-assembler-0.1.0


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

The Capture seq assembler
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل capture-assembler-0.1.0
نام capture-assembler
نسخه کتابخانه 0.1.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Hadrien Gourlé, Renaud Van Damme
ایمیل نویسنده hadrien.gourle@slu.se
آدرس صفحه اصلی https://github.com/SGBC/capture
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/capture-assembler/
مجوز MIT
# The Capture-Seq assembler [![Build Status](https://travis-ci.org/SGBC/capture.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/SGBC/capture) [![made-with-python](https://img.shields.io/badge/made%20with-python3-blue.svg)](https://www.python.org/) [![LICENSE](https://img.shields.io/badge/license-MIT-lightgrey.svg)](https://github.com/SGBC/capture) `capture` is an assembler developed to recover complete genome from ultra-high coverage samples The repository is a work in progress and the assembler is not functional yet. Thanks for your interest and come back soon! ## Installation `capture` requires the following to be installed: * python >= 3.6 * SPAdes *TODO* ## Quickstart ```bash # paired-end reads, Illumina MiSeq capture assemble -f reads_R1.fastq.gz -r reads_R2.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 300 -o output_dir # compressed paired-end reads, Illumina HiSeq capture assemble -f reads_R1.fastq.gz -r reads_R2.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 125 -o output_dir # single end reads, Ion Torrent capture assemble -u reads.fastq.gz \ --genome_size 35000 --mean 240 -o output_dir # reads in bam format capture assemble --bam reads.bam \ --genome_size 35000 --mean 240 -o output_dir # full list of subcommands and options capture -h # full list of options for a subcommand capture assemble -h ``` ## License Code is under the [MIT](LICENSE) license ## Contributing We welcome contributions from the community! See our [Contributing](CONTRIBUTING.md) guide.


نیازمندی

مقدار نام
- doit
- biopython
- pysam


نحوه نصب


نصب پکیج whl capture-assembler-0.1.0:

    pip install capture-assembler-0.1.0.whl


نصب پکیج tar.gz capture-assembler-0.1.0:

    pip install capture-assembler-0.1.0.tar.gz