معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Tool for managing bioinformatics content repositories.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	capanno-utils-0.9.6a0
نام	capanno-utils
نسخه کتابخانه	0.9.6a0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Karl Sebby
ایمیل نویسنده	karl.sebby@truwl.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/truwl/capanno-utils
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/capanno-utils/
مجوز	Apache 2.0

# General `capanno-utils` is a companion tool to manage metadata and workflow language files for bioinformatics tools in the [capanno](https://github.com/truwl/capanno) and similar repositories. Usage examples and additional documentation can be found in that repository. It is recommended to start with the [Getting Started](https://github.com/truwl/capanno/blob/master/docs/Getting_Started.md) documentation. ## Create the parser using the latest and greatest CWL and schema-salad versions ``` schema-salad-tool --codegen python https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/raw/master/v1.0/CommonWorkflowLanguage.yml > capanno_utils/classes/cwl/common_workflow_language.py ``` or ``` curl https://raw.githubusercontent.com/common-workflow-language/cwl-utils/main/cwl_utils/parser/cwl_v1_2.py > capanno_utils/classes/cwl/common_workflow_language.py ``` ## Add the 10 mixins by hand ``` perl -p -i -e 'print "from capanno_utils.classes.cwl.common_workflow_language_mixins import CommandLineToolMixin, \\ CommandInputParameterMixin, SchemaDefRequirementMixin, CommandLineBindingMixin, \\ CommandOutputParameterMixin, WorkflowMixin, InputParameterMixin, WorkflowOutputParameterMixin, \\ WorkflowStepMixin, WorkflowStepInputMixin\n" if $. == 1' capanno_utils/classes/cwl/common_workflow_language.py perl -p -i -e 's/SchemaDefRequirement\(/SchemaDefRequirement(SchemaDefRequirementMixin,/; \ s/CommandLineBinding\(/CommandLineBinding(CommandLineBindingMixin,/; \ s/CommandInputParameter\(/CommandInputParameter(CommandInputParameterMixin,/; \ s/CommandOutputParameter\(/CommandOutputParameter(CommandOutputParameterMixin,/; \ s/CommandLineTool\(/CommandLineTool(CommandLineToolMixin,/; \ s/Workflow\(/Workflow(WorkflowMixin,/; \ s/class InputParameter\(/class InputParameter(InputParameterMixin,/; \ s/WorkflowOutputParameter\(/WorkflowOutputParameter(WorkflowOutputParameterMixin,/; \ s/class WorkflowStep\(/class WorkflowStep(WorkflowStepMixin,/; \ s/class WorkflowStepInput\(/class WorkflowStepInput(WorkflowStepInputMixin,/;' capanno_utils/classes/cwl/common_workflow_language.py ``` ## Adding a tool Usage: ``` capanno-add tool kallisto 0.45.x --biotoolsID kallisto #This will initialize a directory for kallisto tools/ └── kallisto └── 0.45.x ├── common │ └── common-metadata.yaml └── kallisto ├── instances └── kallisto-metadata.yaml ``` If you don't provide a `biotoolsID`, capanno-utils will just make a blank template. ``` capanno-add tool kallisto 0.45.x tools/ └── kallisto └── 0.45.x └── common └── common-metadata.yaml ``` ## Adding a subtool ``` #remote capanno-add subtool kallisto 0.45.x index -u --init-cwl https://github.com/common-workflow-library/bio-cwl-tools/raw/release/Kallisto/Kallisto-Index.cwl #local capanno-add subtool kallisto 0.45.x index -u --init-cwl bio-cwl-tools-submodule/Kallisto/Kallisto-Index.cwl tools/ └── kallisto └── 0.45.x ├── common │ └── common-metadata.yaml ├── kallisto │ ├── instances │ └── kallisto-metadata.yaml └── kallisto_index ├── instances ├── kallisto-index-metadata.yaml └── kallisto-index.cwl ``` If ``--init_cwl`` is not provided, no cwl file is initialized and capanno-utils will make a blank template. Can also initialize all subtool directories when first initialize the tool directory but haven't made a way to specify cwl urls to initialize each one doing it that way yet. ``` capanno-add subtool kallisto 0.45.x index -u cwl-tools/ └── kallisto └── 0.45.x ├── common │ └── common-metadata.yaml └── kallisto_index ├── instances └── kallisto-index-metadata.yaml ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	setuptools
-	requests
-	ruamel.yaml
-	semantic-version
-	pandoc-include
-	cwltool
-	miniwdl

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl capanno-utils-0.9.6a0:

pip install capanno-utils-0.9.6a0.whl

نصب پکیج tar.gz capanno-utils-0.9.6a0:

pip install capanno-utils-0.9.6a0.tar.gz