معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python interface to BRI (Bam Read Index)

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	camembert-bri-0.0.2
نام	camembert-bri
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Matej Usaj
ایمیل نویسنده	m.usaj@utoronto.ca
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/usajusaj/camembertpy
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/camembert-bri/
مجوز	-

![Python package](https://github.com/usajusaj/camembertpy/workflows/Python%20package/badge.svg) ![Python package build and publish](https://github.com/usajusaj/camembertpy/workflows/Python%20package%20build%20and%20publish/badge.svg) # camembertpy Cython wrapper for https://github.com/jts/bri with pysam integration. # Installation ## From pip repository ```bash pip install camembert-bri ``` ## From source ### conda approach (recommended) ```bash conda env create -f environment.yml conda activate camembert python setup.py install ``` ### pip approach ```bash # optional virtualenv: virtualenv camembert source camembert/bin/activate # Installation pip install -r requirements.txt python setup.py install ``` # Examples ## API ### build read index ```python from camembert import Bri b = Bri(bam_file) b.create() ``` ### retrieve reads ```python from camembert import Bri b = Bri(bam_file) b.load() for read in b.get(read_name): print(read.to_string()) # read is of type pysam.AligmentSegment ``` ## CLI A command line interface is included and mimics the original bri CLI command. For usage, refer to ```bash camembert --help camembert <subcommand> --help ``` ### build read index ```bash camembert index bam_file.bam ``` ### retrieve reads ```bash camembert get bam_file.bam read_name ```

نیازمندی

مقدار	نام
-	pysam

نحوه نصب

نصب پکیج whl camembert-bri-0.0.2:

pip install camembert-bri-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz camembert-bri-0.0.2:

pip install camembert-bri-0.0.2.tar.gz