معرفی شرکت ها

calcs-0.0.0.9999

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.0.9999
0.0.0.9999

توضیحات

call CS tag to SAM file
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل calcs-0.0.0.9999
نام calcs
نسخه کتابخانه 0.0.0.9999
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Akihiro Kuno
ایمیل نویسنده akuno@md.tsukuba.ac.jp
آدرس صفحه اصلی https://github.com/akikuno/calcs
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/calcs/
مجوز -
## Description Append the [minimap2's CS tag](https://github.com/lh3/minimap2#cs) to SAM file. If the CS tag is already present, this command will overwrite the existing tag. > :warning: This tool will be maintained until [the samtools team implements official CS caller](https://github.com/samtools/samtools/issues/1264). ## Installation You can install `calcs` using pip: ```bash pip install calcs ``` <!-- Alternatively, you can get `calcs` from bioconda: ``` conda install -c bioconda calcs ``` --> ## Usage ```bash calcs [options] <in.sam> -r/--reference <in.fasta> ``` ## Getting Started ```bash # CS tag (short form) calcs aln.sam -r ref.fasta > aln_cs.sam # CS tag (long form) calcs aln.sam -r ref.fasta -l > aln_cslong.sam # PAF format with CS tag (short form) calcs aln.sam -r ref.fasta -p > aln_cs.paf # PAF format with CS tag (long form) calcs aln.sam -r ref.fasta -p -l > aln_cslong.paf # Multithreading calcs aln.sam -r ref.fasta -t 4 > aln_cs.sam ``` ## Options ```bash -l, --long: output the cs tag in the long form -t, --threads INT: number of threads to use (default: 1) ``` ## Examples ```bash calcs examples/example.sam -r examples/ref.fa > example_cs.sam ``` If the input file is a BAM/CRAN format, you can use `samtools view`. ```bash samtools view examples/example.bam | calcs -l -r examples/ref.fa | samtools sort > example_cslong.bam ``` ## `paftools.js sam2paf` vs `calcs` | | sam2paf | calcs | | ------------------- | -------------------------- | ---------- | | Speed | + | - | | Report substitution | + (if SAM includes MD tag) | + | | Report CS tag | + (if SAM includes MD tag) | + | | Output format | PAF | SAM or PAF |


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl calcs-0.0.0.9999:

    pip install calcs-0.0.0.9999.whl


نصب پکیج tar.gz calcs-0.0.0.9999:

    pip install calcs-0.0.0.9999.tar.gz