معرفی شرکت ها
c6-0.4.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A toy center-based model of initial clustering
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | c6-0.4.0 |
| نام | c6 |
| نسخه کتابخانه | 0.4.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | C David Williams |
| ایمیل نویسنده | cdavew@alleninstitute.org |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/AllenCellModeling/c6 |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/c6/ |
| مجوز | Allen Institute Software License |
# c6 (Circular Center-based Cell Colony Creation and Clustering) <img src="docs/imgs/logo.png" width="250" title="c6" alt="c6" align="right" vspace = "50">
[](https://github.com/AllenCellModeling/c6/actions)
[](https://AllenCellModeling.github.io/c6)
[](https://codecov.io/gh/AllenCellModeling/c6)
C6 is a toy center-based model of the initial clustering that occurs as a cells aggregate after replating.
---
## Features
- [x] Represents cells as non-overlapping circles
- [x] Cells exclude each other
- [x] Cells sense each other with tunable strength and distances
- [x] Cells grow at tunable rates
- [x] Cells divide at tunable sizes
- [x] Cells' growth is contact inhibited
- [x] Runs are launched from stored initial conditions
- [x] Runs are selectable as deterministic or stochastic
- [x] Runs are logged to tidy data file
- [x] Run state is visualized
- [x] You can save run states out to pretty MP4s
- [ ] Summary statistics are available for probing run logs
- [ ] Easy run profiling
## Quick Start
```python
import c6
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
space = c6.Space()
cell_locs = 20*np.random.random((10,2))
cells = [c6.Cell(space, loc) for loc in cell_locs]
fig, ax = plt.subplots(1,1, figsize=(10,10))
ax.set(xlim=(-10, 20), ylim=(-10, 20))
animation = c6.plot.animate(fig, ax, space, 500)
animation.save('example.mp4', fps=20)
```
## Installation
Clone and install or `pip install git+https://github.com/AllenCellModeling/c6.git`
## Creating initial conditions and logging runs
Both initial conditions and run logs are stored as JSON in this form:
```json
{
"seed": 123,
"universal": {"sensing": 12.3,
"influence_max": 12,
"influence_decay": 0.3,
"adhesion": 0.5
},
"cells": [{"time": 0,
"id": [0, 1, ..., 100],
"loc": [[1, 2], [3, 4], ..., [0.5, 2]],
"radius": [0.3, 0.5, ..., 2.0]
}]
}
```
Any property that can be passed to `c6.Cell` as a parameter can be serialized either as a key/value pair in `'universal'`, in which case it applies to all cells at all time points, or to `"cells"`, in which case it is parsed on a per cell per time point basis. Starting conditions are this file, but with only the first entry in `"cells"` specified. The first entry in `"cells"` is always applied before later entries and so per-cell values that do not change (e.g. ids) can be set there.
## Documentation
For full package documentation please visit [AllenCellModeling.github.io/c6](https://AllenCellModeling.github.io/c6).
Available under the Allen Institute Software License
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | matplotlib |
| - | sklearn |
| - | matplotlib |
| - | sklearn |
| - | codecov |
| - | flake8 |
| - | black |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
| - | pytest-raises |
| - | pytest-runner |
| >=0.5.3 | bumpversion |
| >=5.0a4 | coverage |
| >=3.7.7 | flake8 |
| >=7.5.0 | ipython |
| >=0.2.1 | m2r |
| >=4.3.0 | pytest |
| ==2.6.1 | pytest-cov |
| >=0.10 | pytest-raises |
| >=4.4 | pytest-runner |
| ==2.4.4 | Sphinx |
| >=0.1.2 | sphinx-rtd-theme |
| >=3.5.2 | tox |
| >=1.13.0 | twine |
| >=0.33.1 | wheel |
| - | jupyterlab |
| >=0.5.3 | bumpversion |
| >=5.0a4 | coverage |
| >=3.7.7 | flake8 |
| >=7.5.0 | ipython |
| >=0.2.1 | m2r |
| >=4.3.0 | pytest |
| ==2.6.1 | pytest-cov |
| >=0.10 | pytest-raises |
| >=4.4 | pytest-runner |
| ==2.4.4 | Sphinx |
| >=0.1.2 | sphinx-rtd-theme |
| >=3.5.2 | tox |
| >=1.13.0 | twine |
| >=0.33.1 | wheel |
| - | jupyterlab |
| - | pytest-runner |
| - | codecov |
| - | flake8 |
| - | black |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
| - | pytest-raises |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl c6-0.4.0:
pip install c6-0.4.0.whl
نصب پکیج tar.gz c6-0.4.0:
pip install c6-0.4.0.tar.gz